2 сентября 1682 года Софья получила анонимное письмо с доносом о том, что Иван Хованский готовится убить ее и обоих царей с царицей Натальей руками преданных делу стрельцов. Возможно, письмо это было сотворено Иваном Милославским, открытым противником старого князя, и вовсе не соответствовало правде. Но Софья, обрадовавшись этому предлогу, притворилась, что поверила в настоящий заговор, предупредила бояр об опасности, которая всем угрожала, и спешно покинула Москву вместе с обоими царями, Василием Голицыным и двором. Вскоре, приехав в село Воздвиженское, она адресует Ивану Хованскому послание, написанное в очень дружественном тоне, приглашая его присоединиться к ней, чтобы вместе обсудить государственные дела. Не ожидая подвоха, самолюбивый Иван Хованский собирается в дорогу вместе с сыном Андреем и охраной из тридцати шести стрельцов. Когда они решили разбить лагерь в двадцати пяти верстах от Москвы, большой отряд солдат по приказу Софьи окружил сторонников Хованского, разоружил стрельцов и привел на главную площадь деревни, где уже возвышался эшафот. Без следствия, дебатов и суда; приговор был вынесен уже давно, монотонным голосом его зачитал дьяк: «Князь Иван, ты всегда действовал по своему усмотрению, не считаясь с мнением царей, ты растратил Государственную казну на людей, которые этого не заслуживали; ты позволил стрельцам дерзко вторгнуться в царские палаты; твои недобрые намерения по отношению к царствующим персонам раскрыты, твое предательство неопровержимо доказано, поэтому государи приговаривают тебя к смерти». То же наказание постигло и сына Ивана Хованского. Оба, отец и сын, несмотря на их протесты и уверения в невиновности, были тут же обезглавлены. Их тридцать шесть соратников постигла та же участь. В этот же день, 17 сентября, царевна получала поздравления по случаю своих именин.
В Москве, узнав о казни своего предводителя, «батюшки», Ивана Хованского, вооруженные стрельцы в ярости заняли Кремль, захватили патриарха Иоакима и, пропьянствовав всю ночь, стали решать, идти ли им против толпы бояр или ждать штурма на месте. Со всех сторон к ним слетались тревожные новости: шпионы Софьи подняли всю страну против виновников волнений, большая армия дворян вместе с их крепостными готовилась атаковать столицу. Письмо царевны патриарху, перехваченное восставшими, подтверждало эти слухи. Внезапно надменность стрельцов сменилась ужасом и слезами. Те, кто хотел господствовать на Руси, теперь могли надеяться только на великодушие регентши. Они направили ей представителей, чтобы уверить ее в их покорности, и молили патриарха Иоакима вступиться за них. Три тысячи стрельцов отправились в дорогу вместе со своими семьями в монастырь Троице-Сергиевой лавры, где Софья уже ждала их. Она приняла делегацию 27 сентября рано утром, в отсутствие царей, но в окружении бояр. Пока жены стрельцов голосили о разорении и рвали одежду у себя на груди, сами виновные упали на колени перед царевной. Митрополит, отправленный к ней патриархом Иоакимом по просьбе бунтовщиков, просил Софью проявлять благородство. Она вняла его совету не из милосердия, но из осторожности – нельзя приводить в отчаяние побежденных. Это даст ей возможность насладиться реваншем. Сидя на троне перед стрельцами, Софья объявила им, что она согласна больше не говорить об этом. Но она поставит одно условие: необходимо, чтобы стрельцы вернули оружие, похищенное из Арсенала, чтобы они отказались совершать аресты без личного приказа государей и чтобы дали клятву не поднимать никогда впредь мятежи против государственной и церковной власти. Почетный титул «надворной пехоты» будет у них отобран за безнравственное поведение. Позорный столб, сооруженный на Красной площади, будет разрушен, а наименее крепкие полки будут сосланы нести службу в приграничные города.
6 ноября 1682 года оба царя и регентша с боярами в сопровождении более десяти тысяч человек вступили в умиротворенную Москву. Стрельцы получили приказ в этот день явиться без оружия, пасть на колени и бить челом во время прохождения царского кортежа. Порядок был восстановлен. Софья торжествовала. И маленький Петр, наблюдая согнутые спины по обе стороны улиц, оценил благоприятный эффект жесткости в подавлении народного вооруженного восстания. Подавить мятеж в крови и осыпать милостями оставшихся в живых, как только опасность минует. Этот урок юный царь будет вспоминать потом всю жизнь. С раннего детства его преследовали ужас, насилие и ложь. Среди враждебного окружения только его мать оставалась безучастной к дворцовым интригам. Но она жила в мечтах. А у Петра было неутолимое желание действовать, командовать, создавать, как и у его сводной сестры Софьи, которую он боялся и ненавидел. На самом деле, едва обосновавшись в Кремле, она приняла безапелляционное решение: Иван останется во дворце рядом с ней, а Петр уедет вместе с матерью в село Преображенское.