Чтобы улучшить деятельность судов, Петр решает заменить старое Уложение 1649 года царя Алексея Михайловича новым шведским кодексом, из которого исключены были неприменимые к России положения. Комиссия из экспертов, в которую вошли также и иностранные юристы, заседала неоднократно и в течение долгого времени и в конце концов в 1722 году вынесла решение о невозможности приспособить иностранный закон российским требованиям. Впрочем, Петр усложнял задачу, издавая множество противоречащих друг другу указов. То, что разрешалось вчера, завтра уже становилось запрещенным. Правосудие менялось как настроение царя. Когда он устанавливал законы, то принимал во внимание не справедливость, но эффективность. Так, преступник, осужденный за убийство, мог, если он был искусным ремесленником, оказаться на свободе и возглавить группу рабочих, которым передал бы свое умение. В этом амплуа он был гораздо полезнее своей стране, чем став каторжником. Мысль Петра имела две тенденции: деспотизм и прагматизм.
Обе тенденции проявились в его отношениях с Церковью. После смерти патриарха Адриана в 1700 году он не дал ему преемника и назвал митрополита Рязанского Стефана Яворского «Екзархом святейшего Патриаршего Престола, блюстителем и администратором». Однако новый экзарх занимался исключительно текущими делами; основополагающие решения по духовным делам принимал боярин Мусин-Пушкин, глава Монастырского приказа. Но это был только первый этап. В течение нескольких лет Феофан Прокопович, профессор философии и ректор Киевской Духовной академии, работал над «Духовным регламентом», состоящим из трехсот статей, вдохновленный на этот труд царем и под его присмотром. В 1721 году Петр официально упразднил патриархат и провозгласил новый статус Церкви. По этому указу патриархат заменяла вновь образованная Духовная коллегия и Святейший Синод, состоящий из нескольких архиепископов, назначаемых государем, которые должны будут заниматься всеми делами Церкви. Обер-прокурор, также назначаемый государем, присутствует на прениях этой ассамблеи и обладает правом вето. Обер-прокурор, впрочем, не мог быть духовным лицом. Заботясь об устройстве надзора за деятельностью Синода, Петр хотел «в Синод выбрать из офицеров доброго человека, кто бы имел смелость и мог управление синодского дела знать». Первым обер-прокурором Синода был назначен драгунский полковник Иван Васильевич Болтин. Смысл церковной реформы и причины, заставившие Петра предпочесть коллегиальное и синодальное управление церковью единоличному патриаршему, объяснялись в преамбуле к Регламенту: «Простой народ не ведает, как разнствует власть духовная от самодержавной, но, удивляемый великою честью и славою высочайшего пастыря, помышляет, что таковой правитель есть второй государь, самодержцу равносильный или больший, и что духовный чин есть другое и лучшее государство. И если народ уже сам собою привык так думать, то что же будет, когда разговоры властолюбивых духовных подложат как бы хвороста в огонь?.. Когда же народ увидит, что соборное правление установлено монаршим указом и сенатским приговором, то пребудет в кротости и потеряет надежду на помощь духовного чина в бунтах». Урок был ясен: призвание Церкви исключительно духовное; ее вмешательство в политику недопустимо; на Руси один хозяин – царь, и даже духовенство должно его слушать.
Если он и не посягает на власть Церкви в том, что касается догм, то этим Регламентом лишает ее независимости. Члены Святейшего синода, избранные им во главе со светским обер-прокурором, который следит за ними и доносит об их речах монарху, по сути такие же