Наконец Артамон Матвеев, вернувшись из ссылки, добрался до Москвы. Едва ступив в Кремль, он почувствовал назревшую драму. Но выправлять ситуацию было уже слишком поздно. 15 мая 1682 года Иван Милославский начал наступление. Его шпионы проникли в стрелецкие кварталы и распустили слухи о том, что Нарышкины после убийства царя Федора III собираются расправиться с царевичем Иваном. Вскоре девятнадцать стрелецких полков с оружием в руках кричали: «Смерть изменникам!» Они ударили в набат и, напившись для храбрости водки, сняли свои разноцветные кафтаны, оставшись в красных рубахах с засученными по локоть рукавами. Размахивая пиками, алебардами и саблями и толкая пушки, беснующаяся толпа обрушилась на Кремль. Поступил приказ закрыть крепостные ворота, но караульные посты были уже сметены. Первый натиск стрельцов пришелся на стены Грановитой палаты. Внутри началась паника. Чтобы образумить и убедить бунтовщиков, что их обманули, еле живая от страха Наталья Кирилловна появилась на красном крыльце с маленьким царем Петром I и царевичем Иваном. За ней возвышались патриарх Иоахим, Артамон Матвеев, Михаил Долгорукий и другие бояре, члены Думы.
«Вот царь Петр Алексеевич и царевич Иван Алексеевич, – сказала она, напрягая голос. – Слава богу, они здоровы и в их доме нет изменников». Пока мать обращалась к толпе, маленький Петр очень испугался. Почему у всех этих людей, столпившихся внизу, лица перекошены от ненависти? Как сделать, чтобы они ушли? Увидев царских детей, сбитые с толку стрельцы умолкли, засомневались и стали опускать оружие. Некоторые, дерзнув подняться на первые ступеньки лестницы, спросили Ивана:
– Ты и вправду царевич?
– Да, – прошептал Иван.
– Тебя кто-нибудь обижает?
– Никто.
Догадавшись, что ветер переменился, Артамон Матвеев спустился с крыльца и обратился со словами примирения к стрельцам. Он им напомнил их прошлые победы и призвал хранить верность царю Петру I, которого честно избрали. В свою очередь, патриарх Иоахим взял слово, чтобы умолить солдат, во имя Всевышнего, разойтись по домам, удостоверившись, что царевич Иван цел и невредим. Отрезвленная толпа колебалась и шепталась, пристыженная своим бунтовщическим порывом. Казалось, что эта партия выиграна, старый князь Михаил Долгорукий, предводитель стрельцов, решил использовать преимущество и сильной рукой усмирить бунтовщиков, которые осмелились бросить вызов власти. Повысив голос, он их оскорблял и приказывал разойтись по домам под угрозой страшного наказания за неповиновение. Это неумелое вмешательство послужило искрой, из которой разгорелось пламя. После недолгого оцепенения разъяренные стрельцы бросились на Михаила Долгорукого и сбросили его вниз по ступеням. Грузное тело тяжело скатилось на пики, которые его пронзили. Его добивали ударами алебард на земле, разрывая тело на части. Вид крови, брызнувшей из открывшихся ран, вызвал приступ ярости у нападавших. И теперь они принялись за Артамона Матвеева, которого Наталья Кирилловна тщетно пыталась защитить, вцепившись в него обеими руками. Вырванный из объятий регентши, он, в свою очередь, был сброшен на пики, пронзен и порублен на части под пронзительные ликующие крики. «Любо! Любо! Это по нам! Так его!» – повторяли мучители. Они бросились во дворец на поиски Ивана Нарышкина и всех остальных «изменников» из числа сорока шести, которые были внесены в список, составленный Софьей и Иваном Милославским. Гнев бунтовщиков не пощадил ни царские апартаменты, ни алтари домашних церквей. Они выбивали двери, рылись в сундуках, вспарывали матрасы, разрывали и пачкали обивки своими обагренными кровью руками. Снаружи бил набат, двести барабанщиков без устали стучали в барабаны, а пьяные голоса вопили о новых расправах.
В ужасе Наталья Кирилловна прижимала к себе маленького Петра. Что почувствует он, увидев это побоище? По мнению некоторых свидетелей, он был сильно напуган, по мнению других, проявил железную выдержку, не свойственную своему возрасту. На самом деле среди этой резни он испытывал смешанное чувство отвращения и нездорового влечения. Вид человеческих страданий и человеческого безумства развил в нем непреодолимое влечение, которое он до конца своих дней так и не смог побороть. Ужас насилия постепенно развил в нем склонность к насилию. Покоренный и окаменевший от ужаса, он тем не менее увел за собой мать, которая в надежде укрыться от бойни спряталась в одной из зал Грановитой палаты.