Помимо попыток решения рабочего вопроса, важное место в политике столыпинских реформ занимали реформы в системе образования. В 1909 г. в Думу поступил проект о введении в 10-летний срок в России всеобщего начального обучения. Согласно ему, все дети, независимо от пола и сословия, могли «по достижении школьного возраста пройти полный круг обучения в правильно организованной школе». В связи с предполагаемой реформой высшего образования был разработан новый Университетский устав, предоставлявший высшей школе широкую автономию. С системой образования Столыпин тесно связывал и развитие научных знаний. В годы реформ активно финансировались научные исследования, экспедиции, реставрационные работы, издание научной литературы, развитие театра и кинематографа. Также в этот период было подготовлено «Положение об охране древностей»; принято решение о создании Пушкинского дома в Санкт-Петербурге; поддержаны проекты по организации музеев в губерниях. Но окончательного законодательного решения по школьным проектам так и не было вынесено. Не реализовались и планы Столыпина о введении принципа непрерывного образования с преемственностью различных ступеней.
Правые в большинстве своем поддержали начинания правительства в области образования. Даже такой критик деятельности П. А. Столыпина, как К. Н. Пасхалов, с одобрением писал, что «наши высшие государственные учреждения ревностно хлопочут о насаждении всеобщего и даже обязательного обучения, не жалея никаких расходов для достижения намеченной цели». Однако тот же Пасхалов предостерегал власти от излишнего заигрывания с либеральными кругами, которые, в частности, устроили в 1912 году Съезд деятелей по народному образованию в Московском городском управлении. В этом мероприятии приняли участие более тысячи учителей и учительниц городских училищ. Возмущение публициста вызвали резолюции съезда, согласно которым «было признано, что задавать уроки на дом не следует; не следует также ставить отметки за ответы и прибегать к наказаниям». «До сих пор все, что теперь отрицается современными просветителями, составляло основу школьного дела во всем мире», — подчеркивает при этом К. Н. Пасхалов. А резолюция съезда об отмене ограничительного каталога ученических библиотек и о совместном обучении детей мужского и женского пола, по мысли Пасхалова, будет способствовать распространению пороков и откровенного разврата в подростковой среде. По его мнению, подобного рода резолюции фактически перечеркивают все усилия правительства по улучшению системы народного образования, мешают их проведению.
Национальная политика осуществлялась под лозунгом «Россия для русских» и была направлена на сохранение единой неделимой России. Избирательный закон 3 июня 1907 г. сократил представительство в Государственной Думе Польши, Кавказа, а инородцы Средней Азии, Казахстана и Сибири вообще были лишены избирательных прав. Между тем, ряд законопроектов и циркуляров, подготовленных правительством, снимали различные национальные ограничения, в том числе и относительно еврейского населения.
Особенно острым был для Столыпина вопрос о положении Великого княжества Финляндского. Премьер настаивал на примате в Финляндии общероссийских законов и решил провести без согласия финского сейма законопроект о соотношении между Российской империей и Финляндией. Для разработки законов и мероприятий, касающихся Финляндии, при Совете Министров было образовано Особое совещание по делам Великого княжества финляндского под председательством П. А. Столыпина. В его состав входили также видные правые — участники салона Е. В. Богдановича — член Государственного совета В. Ф. Дейтрих, министр юстиции И. Г. Щегловитов и Финляндский генерал-губернатор генерал Ф. А. Зейн.
Глава правительства исходил, прежде всего, из того факта, что Финляндия являлась составной частью империи, а империя, по его мысли, должна управляться «объединенным правительством, которое ответственно перед Государем за все происходящее в государстве». При этом особо отмечалось, что «Россия не может желать нарушения законных автономных прав Финляндии относительно внутреннего ее законодательства и отдельного административного и судебного ее устройства». Однако «в общих законодательных вопросах и в некоторых общих вопросах управления должно быть и общее решение совместно с Финляндией, с преобладанием, конечно, державных прав России». Председатель Совета Министров считал, что общеимперские интересы ничем не были обеспечены, а «картина государственного бессилия» по отношению к Финляндии казалась ему полной. Правительство П. А. Столыпина, желавшего «установления на пространстве всей России стройного правового порядка», вырабатывало законопроект, главная цель которого, по мысли его создателей, заключалась в ограждении «исторических державных прав России».