Не вызывает сомнения, что работа Столыпина в Министерстве государственных имуществ дала ему уникальные знания, без которых ему было бы значительно труднее реализовывать в будущем свою программу реформ. И в Департаменте земледелия он именно работал, а не просто числился, как ранее в МВД. В апреле 1886 года Столыпин получает чин коллежского секретаря, а в январе следующего года — назначается на свою первую руководящую должность: помощником столоначальника. Эта неблагодарная чиновничья работа много дала будущему главе правительства — и не только в плане ознакомления с ситуацией в сельском хозяйстве и его наиболее острыми проблемами. Петр Аркадьевич на основе личного опыта, почти с самого низа мог понять принципы функционирования государственного аппарата империи, без знания чего невозможно было осуществлять эффективное управление.
В департаменте молодой чиновник отвечал за систематизацию книг и публикаций прессы по сельскохозяйственной тематике и в 1887 году опубликовал «Указатель книг, журнальных и газетных статей по сельскому хозяйству за 1886 г.».
Однако из столицы невозможно было узнать, как функционирует аппарат власти на местах, что было не менее важным, чем работа в центральных органах управления. Всё, что было можно, от работы в министерстве Столыпин взял — теперь он считал необходимым заняться практической работой непосредственно на земле. 28 февраля 1889 года Петр Аркадьевич подает прошение министру с просьбой разрешить переход в ковенские уездные предводители дворянства с оставлением причисленным к Министерству государственных имуществ. После удовлетворения данного ходатайства он 18 марта приказом виленского, ковенского и гродненского генерал-губернатора назначается уездным предводителем дворянства и одновременно возглавляет съезд мировых посредников. Через год Столыпин также становится почетным мировым судьей Ковенского уезда.
О представлении будущего главы правительства относительно задач мирового суда, а также о том, насколько высок был авторитет последнего в уезде (впрочем, как и во всей империи), красноречиво свидетельствует следующий отрывок из выступления Столыпина на праздновании юбилея ковенского съезда мировых судей: «В России умеют и привыкли говорить только члены судебного ведомства (более чем скромное заявление для человека, впоследствии получившего заслуженную славу одного из лучших ораторов страны. —
В течение службы моей представителем части здешнего общества в течение трети того периода, окончание которого мы сегодня празднуем, я ропота на правосудие не слышал!»
Необходимо сказать несколько слов о сути должности уездного предводителя дворянства. На самом деле название не совсем отвечало сущности: его полномочия отнюдь не ограничивались чисто дворянскими вопросами. Он одновременно руководил деятельностью уездного земского собрания, уездного училищного совета, уездного присутствия по воинской повинности, уездного съезда и других ключевых местных органов власти. Фактически уездный предводитель дворянства концентрировал в своих руках всю полноту власти и полностью руководил уездом, в том числе и образованными при предыдущем либеральном царствовании земствами. При этом контроль губернаторов над уездными предводителями дворянства был, как правило, достаточно условным — во всяком случае, они не считали нужным входить в подробности уездной жизни.