Наибольшая опасность исходила от самой влиятельной революционной партии — Партии социалистов-революционеров (ПСР) и ее Боевой организации (БО), о чем генерал Герасимов был хорошо осведомлен через своего секретного сотрудника Евно Фишелевича Азефа, возглавлявшего эту самую БО. Как вспоминал бывший начальник столичного охранного отделения: «Уже в июне месяце 1906 года центральный комитет Партии социалистов-революционеров, убедившись в том, что правительство не идет на уступки Государственной думе, принял секретное решение о возобновлении террора (после избрания I Думы эсеры лицемерно заявили о приостановке террористической деятельности, хотя реально это касалось лишь террористических актов против высших государственных деятелей, так называемого «центрального террора». На местах чиновников и полицейских продолжали убивать, но формально «без партийной санкции». —
Нельзя не отдать должное ювелирной работе охранного отделения, однако понятно, что оно одно не только не могло справиться с валом террора, но даже защитить премьера от всех покушений, опасность которых исходила далеко не только от БО ПСР.
12 августа 1906 года председатель Совета министров едва не пал жертвой покушения на своей даче на Аптекарском острове, во время которого погибло 27 человек и 33 было тяжело ранено (в том числе его четырнадцатилетняя дочь и трехлетний сын). Террористический акт осуществил только образовавшийся «Союз социалистов-революционеров максималистов» (из числа наиболее экстремистски настроенных, даже по революционным меркам, бывших членов ПСР), отличавшийся от БО ПСР ускоренной подготовкой терактов с минимальным количеством участников.
В этот день председатель Совета министров проводил прием посетителей. Легко попасть на этот прием мог, записавшись прямо на месте, любой российский гражданин, независимо от национальности, вероисповедания, социального положения. Переодетые в жандармскую форму террористы сумели добежать до дверей приемной (хотя они сразу вызвали подозрение тем, что на них были каски старого образца) и там бросили портфель со спрятанной в нем бомбой. Страшную картину разрушений и гибели невинных людей оставила Мария фон Бок: «Большая часть дачи взлетела на воздух. Послышались душераздирающие крики раненых, стоны умирающих и пронзительный крик раненых лошадей, привезших преступников. Загорелись деревянные части здания, с грохотом посыпались каменные…
Сами революционеры, Замятин (генерал А. Н. Замятин вел запись на прием. —
Единственная комната во всем доме, которая совсем не пострадала, был кабинет моего отца.
В момент взрыва папа сидел за письменным столом. Несмотря на две закрытые двери между кабинетом и местом взрыва, громадная бронзовая чернильница поднялась со стола на воздух и перелетела через голову моего отца, залив его чернилами. Ничего другого в кабинете взрыв не повредил, и среди десятков убитых и раненых в комнатах рядом и наверху, папа, волею Божьей, остался цел и невредим.
Рядом с кабинетом, в гостиной, не уцелело буквально ни одной вещи, ни одной стены, ни потолка, но на своем месте остался стоять маленький столик с нетронутой и даже непокрытой пылью фотографией в рамке. Таких непонятных явлений при взрыве было много. Один из спасенных, представлявшихся папа, рассказывал потом мне, как он до взрыва подошел к знакомому губернатору и только успел начать с ним говорить, как увидел своего собеседника без головы.