В итоге «правительство надежды» было сформировано по такому политическому раскладу: из «чертовой дюжины» министров один был крайне правый (государственный контролер правовед Петр Шванебах); пятеро умеренно правых – министр двора барон Фредерикс, морской – вице-адмирал Алексей Бирилев (в 1905 году был назначен командующим 2-й Тихоокеанской эскадрой вместо адмирала Зиновия Рожественского, но не успел до Цусимы), военный – генерал Александр Редигер (в 1882–1884 годах в чине полковника служил товарищем военного министра Болгарии), путей сообщения – генерал-лейтенант Николай Шаффгаузен-Шенберг-Эк-Шауфус (талантливый военный инженер), юстиции – Иван Щегловитов (член «Русского собрания», рекордсмен правительства – занимал свое кресло около десяти лет при пяти премьерах); семеро умеренных либералов – сам Столыпин как глава МВД, министр финансов Коковцов, иностранных дел и обер-прокурор Синода соответственно – братья Александр и Петр Извольские, просвещения – Петр фон Кауфман (на базе изучения природы еврейских погромов конца XIX века предлагал поднять умственный и нравственный уровень русского народа «для освобождения христианского населения от оков еврейской эксплуатации»), торговли и промышленности – Дмитрий Философов (однокашник Столыпина по физмату столичного университета), главноуправляющий землеустройством и земледелием – князь Васильчиков. Такая вот команда с «правым уклоном».
Само собой, команда менялась с течением времени. Далеко не все из них были действительно на своих местах, как, собственно, и менявшие их люди. Однако, будучи во главе правительства, Столыпину приходилось сталкиваться с массой подводных течений и принимать во внимание мощное давление со всех сторон. Как правило, титанической фигуре премьера удавалось отстаивать перед Царским Селом свою позицию относительно тех или иных кандидатур. Но царь-флюгер, в дальнейшем все более и более подверженный влиянию императрицы, Распутина, свиты, явных реакционеров из личного окружения и прочих махрово-правых деятелей, вносил свою личную сумятицу в нормальный ход работы кабинета, что тоже никак нельзя было не учитывать.
Почти год правительство работало в неизменном составе. Затем пошли перемены по различным зависящим или не зависящим от его главы причинам. 13 июня 1907 года был уволен Шванебах, пытавшийся отчаянно интриговать внутри правительства. Подобных вещей Столыпин не терпел и оставил на столе в кабинете правоведа приказ о его увольнении. 12 сентября государственным контролером был назначен умеренный либерал из правоведов Петр Харитонов (землевладелец Уфимской губернии).
В январе 1908 года также по инициативе премьера Кауфман был заменен профессором греческой словесности Александром Шварцем (землевладелец Тульской губернии). Профессор выступал за постреволюционную деполитизацию средней и высшей школы, против создания в них молодежных организаций как революционной и либеральной, так и монархической направленности. Считал, что университетский диплом не должен давать особых прав для занятия должностей на государственной службе, так как задачей высших учебных заведений, по его мнению, должна была стать подготовка ученых, а не облегчение карьеры для выпускников. Однако вскоре в связи с болезнью он также был заменен в сентябре 1910 года юристом Львом Кассо (бессарабский землевладелец). Как сам Столыпин охарактеризовал кандидата в телеграмме Николаю II: «С высочайшего разрешения В. И. В. я, проездом через Москву, дважды беседовал с профессором Кассо. Впечатление: человек умный, хорошего правого направления, твердый, решительный, воспитанный. Недостатки: иностранная фамилия и заграничное воспитание. Мое мнение: по настоящему времени – Кассо кандидат наиболее подходящий, несмотря на отсутствие административного опыта».