Губернатор должен был назначаться царем по предложению министра внутренних дел после одобрения Советом министров. Как раз последнее и насторожило как Царское Село, так и некоторых членов правительства. Усиление и без того почти беспредельной в России роли МВД во главе со Столыпиным как-то не радовало государя, никак не желающего расставаться с абсолютистскими иллюзиями. Министры потребовали убрать право главы МВД отменять обязательные приказы губернатора и провинциального Совета – это можно было сделать только через соответствующие министерства и Сенат.
К царю полетели посланцы, обвинившие в намерении ограничить самодержавие пока еще не самого премьера (авторитет того был недосягаем), а его заместителя – товарища министра внутренних дел Сергея Крыжановского, который обычно вел заседания Совета по делам местного хозяйства. Понятное дело, что удар по заму – это удар по самому начальнику.
Крыжановский тут же написал прошение об отставке, но Столыпин отбил своего заместителя, настояв на наложении царем резолюции о том, что «Его Величество изволит признать действия сенатора Крыжановского правильными, а ходатайство об его увольнении от службы повелел оставить без последствий».
Вроде бы локальная победа премьера, но именно после этого, по утверждению Крыжановского, «с этого момента карьера П. Столыпина пошла под гору». Царь не терпел, когда «насиловали волю». Против выступило и дворянство, полагавшее, что стирание сословных граней заодно и «сотрет» его руководящую и направляющую роль на местах. Проекты обо всех видах самоуправления были представлены во 2-ю Думу, но только волостной и поселковый были рассмотрены уже 3-й Думой. При жизни Столыпина ничего не было принято. Административный фундамент государства остался архаичным и не соответствовал новым условиям.
Аналогичная судьба была и у другого правительственного законопроекта – о реформе полиции. Уже давно было понятно, что полиция выполняет массу функций, далеких от ее прямого назначения (к примеру, полиция занималась объявлением распоряжений и решений правительственных органов, вручением разного рода документов, повесток и денег, взысканием налогов и недоимок, рассылкой окладных листов, приведением к присяге и т. д.). Это должно было освободить дополнительные силы для прямой обязанности борьбы с преступниками, которые в годы анархии совершенно распоясались.
Решение об изменениях в ее функционировании было принято Столыпиным еще в 1906 году, для чего была организована комиссия под председательством Александра Макарова (будущий сменщик Столыпина на посту главы МВД). Именно она выработала поистине революционный законопроект об исключительном положении и неприкосновенности личности. На основании опыта зарубежных законодательств были упорядочены функции полиции, намечено улучшение материального положения полицейских чинов, поднятие образовательного ценза и вывод назначений на посты из-под контроля местного начальства. Полиция была объединена с отдельным корпусом жандармов, которые должны были согласовывать свои действия с чинами судебного ведомства по производству дознания о политических преступлениях. При этом подчиняться полиция и жандармерия должны были товарищу главы МВД (именно эту должность и занимал в тот момент Макаров). Комиссия также решила заменить старый полицейский устав о предупреждении и пресечении преступлений новым уставом с указанием условий и порядка производства полицейских обязанностей и ссылок на другие законы, которые касались полиции. Также регламентировались правила употребления полицейскими оружия, институт карательных постановлений полиции, правила о полицейском надзоре.
Буквально за два месяца до смерти Петра Столыпина 12 июля 1911 года на заседании Совета министров был вынесен вопрос о преобразовании полиции на основе заключения комиссии. Однако ни III, ни IV Думы к рассмотрению реформы полиции так и не приступили.
Также успешно проваленными как левыми, так и правыми стали «рабочие» законопроекты Столыпина, пытавшегося как-то снизить накал противостояния пролетариата и промышленной буржуазии. На обсуждение были поставлены выработанные комиссией Коковцова сразу десять законопроектов: страхование болезней, несчастных случаев, инвалидности; обязательная организация больничных касс на базе совместных взносов и хозяев и рабочих; создание на фабриках и заводах смешанных органов из представителей администрации и рабочих; правила найма рабочих; сокращение рабочего дня с 11,5 до 10 часов; пересмотр статей закона, карающих забастовки и досрочные расторжения договора о найме; меры поощрения строительства здоровых и дешевых жилищ и т. п.