Реформа государственного аппарата началась в конце 1717 – начале 1718 года, когда Петр составил своеобразную программу предстоящих преобразований: он определил число и компетенции коллегий, назначил в них президентов, обязал их выбрать «подручных или товарыщей своих», особо смотря, «чтоб не было отнюдь свойственникоф или собственных креотур». Для нас наиболее интересен документ от 12 декабря 1718 года, озаглавленный: «Реестр коллегиям. О должности, что в которой управляти надлежит». Он позволяет нам представить первоначальную структуру нового центрального аппарата: «1. Чужестранных дел (что ныне Посольский приказ). Всякия иностранныя и посольския дела и пересылка со всеми окрестными государствы и приезды послов и посланников и приезды курьеров и других иноземцев; 2. Камор (или казенных сборов). Всякое расположение и ведение доходов денежных всего государства; 3. Юстиция (то есть расправа гражданских дел). Судныя и розыскныя дела; в той же коллегии в ведении и Поместный приказ; 4. Ревизион. Счет всех государственных приходов и расходов; 5. Воинской. Армия и гарнизоны и все воинския дела, которые были ведомы в Военном приказе и которыя прилучаются во всем государстве; 6. Адмиралтейской. Флот со всеми морскими воинскими служители, к тому принадлежащими морскими делами и управлении; 7. Коммерц. Смотреть над всеми торгами и торговыми действиями; 8. Штатс-контор (казенный дом). Ведение всех государственных расходов; 9. Берг и Мануфактур. Рудокопные заводы и все прочия ремесла и рукоделия, и заводы оных и размножение, притом же и артилерия».
Иной читатель удивится: почему же девять коллегий, а не двенадцать, как мы привыкли с детства считать, глядя на знаменитое здание Доменико Трезини? Прежде чем ответить на этот вопрос, обратимся к «Реестру» и систематизируем содержащийся в нем материал, точнее – сгруппируем коллегии по их важнейшим функциям. Сразу же выделяется группа коллегий военного и внешнеполитического ведомства – Военная, Адмиралтейская и Коллегия иностранных дел. Три первые коллегии занимали привилегированное положение в системе государственных учреждений благодаря тому огромному значению, которое придавал Петр армии, флоту, дипломатии, а также благодаря той огромной роли, которую играли в управлении их президенты – первейшие из первых сподвижников Петра: генерал-фельдмаршал светлейший князь А. Д. Меншиков, генерал-адмирал граф Ф. М. Апраксин и канцлер граф Г. И. Головкин. Эти коллегии возникли не на пустом месте. Как мы помним, уже в начале Северной войны создание новой армии, флота, активная дипломатия потребовали иных, отличных от старых, форм организации аппарата. Военный и Адмиралтейский приказы и Посольская канцелярия (Посольский приказ) были четко сориентированы на специализацию. Именно в них, быстрее чем где бы то ни было, прижились коллегиальные методы ведения дел. Все это впоследствии облегчило переход к коллегиям.
Из всех коллегий особо выделяется группа финансовых коллегий – основа основ камеральной системы. Главной фискальной коллегией стала Камер-коллегия, ведавшая всем приходом денег и бюджетным планированием поступлений. Расход на нужды государства осуществлялся через Штат-контор-коллегию, игравшую роль центральной кассы, а контроль и наблюдение за работой финансовых органов поручались независимой от других коллегий Ревизион-коллегии. Трехчленное деление фиска имело огромное значение в государственном управлении. В старом приказном аппарате эти три финансовые функции – приход, расход и контроль – осуществлял практически каждый приказ. Как правило, приказ сам облагал население налогами, часто шедшими на его же нужды и под его же собственным контролем. Теперь все изменилось коренным образом – финансовая чересполосица XVII века была существенно потеснена.
Такое же значение имел факт создания Юстиц-коллегии. Она заменила сразу несколько судных приказов, отобрала судебные функции у многих приказов несудебного профиля. Произошла резкая унификация, централизация юстиции, – ведь для дореформенного периода было характерно смешение управленческих и судебных функций, не случайно руководитель приказа назывался «судьей». Теперь, с образованием Юстиц-коллегии, произошла резкая перемена, но ее значение все же не следует переоценивать, ибо впоследствии, по мере уточнения компетенций новой коллегии, из ее ведения «выпали» многочисленные социальные и профессиональные группы населения: горожане, купцы, промышленники и работные отошли в ведение Коммерц-, Берг-Мануфактур-коллегий, Главного магистрата, военными занимались Военная и Адмиралтейская коллегии, монастырскими служителями – Синод и т. д. Все это были издержки сословного строя, существовавшего в России в рамках феодализма.