На место Нейгебауэра Петр по совету Паткуля выбрал германского доктора права, Генриха фон Гюйссена. Тот представил план обучения будущего царя, и Петр его одобрил. Алексею следовало изучать французский и немецкий языки, латынь, математику, историю и географию. Он должен был не только штудировать Библию, но и читать иностранные газеты. В свободное время ему надлежало рассматривать атласы и глобусы, осваивать математические приборы и упражнять тело фехтованием, танцами, верховой ездой и всяческими играми с мячом. Алексей был умен, и дело шло хорошо. В письме к Лейбницу Гюйссен сообщал: «Принцу не занимать ни способностей, ни быстроты ума. Его честолюбие умеряется разумом, трезвостью суждений и большим желанием отличиться и достичь всего, что подобает великому монарху. По природе он прилежен и уступчив и стремится усидчивостью восполнить пробелы в своем образовании. Я замечаю в нем огромную тягу к набожности, справедливости, честности и благонравию. Он любит математику и иностранные языки и проявляет большое желание побывать за границей. Он хочет в совершенстве овладеть французским и немецким языками и уже начал получать уроки танцев и воинских искусств, которые доставляют ему большое удовольствие. Царь позволил ему не слишком строго соблюдать посты из опасения, что они нанесут ущерб здоровью и телесному развитию, но царевич из благочестия отказывается от всяких поблажек в этом деле».
В эти подростковые годы на Алексея оказывал влияние и Меншиков, назначенный официальным воспитателем царевича в 1705 году. В обязанности Меншикова входил общий надзор за его обучением, денежным содержанием и вообще за подготовкой наследника к трону. Многим этот малограмотный поверенный в любовных и военных делах Петра казался странным кандидатом в руководители и наставники наследника. Но Петр только потому и выбрал своего друга, что они были так близки. Царь остался недоволен плодами лет, проведенных его сыном с матерью, и с подозрением относился к иностранным воспитателям, окружавшим мальчика. Петр хотел, чтобы за подготовкой царевича, которому суждено взойти на трон, наблюдал кто-то из преданных людей, ближайший товарищ, человек, разделявший мысли царя, облеченный полным его доверием. Но Меншиков, как и Петр, почти все годы юности Алексея провел вдалеке от него, находясь при армии, так что обязанности наставника светлейший выполнял в основном на расстоянии. Ходили рассказы о грубом обращении его со своим подопечным даже при редких встречах. Австрийский посланник Плейер сообщает (хотя свидетелем тому не был) о случае, когда Меншиков таскал Алексея по земле за волосы, а Петр невозмутимо смотрел на это. Посол Уитворт описал для лондонских властей более благопристойную сцену: Меншиков давал обед в честь наследника, «высокого красивого принца лет шестнадцати, который говорит довольно хорошо на верхненемецком языке». Если познакомиться с письмами Алексея к Меншикову, нельзя не почувствовать, что мальчик глядел на грубого человека, поставленного над ним волею отца, с трепетом, смешанным с отвращением. Позже царевич обвинял Меншикова во многих своих недостатках и после окончательного разрыва с Петром, когда он просил убежища в Вене, утверждал, что Меншиков его спаивал и даже пытался отравить.
Разумеется, дело было не в Меншикове, а в Петре. Как обычно, Меншиков лишь отражал позицию и волю своего повелителя. А позиция Петра была удивительно противоречивой. Минутная его гордость царевичем сменялась долгим периодом равнодушия к сыну. Потом вдруг возникало требование, чтобы царевич немедленно присоединился к отцу и участвовал в каком-нибудь деле, важном для воспитания наследника престола. В 1702 году, отправляясь в Архангельск с пятью гвардейскими батальонами на защиту порта от предполагаемого нападения шведов, Петр взял с собой двенадцатилетнего Алексея. При осаде Ниеншанца, когда разжалась хватка шведов, удерживавших устье Невы, тринадцатилетний Алексей был назначен бомбардиром в артиллерийский полк. Годом позже Алексей присутствовал при штурме Нарвы.
Подобно многим волевым людям, собственными силами и заслугами снискавшим уважение, успех и всеобщее восхищение, Петр пытался заставить сына пойти по его стопам. Увы, если отец, подобно Петру, движим могучим чувством долга и верой в собственное предназначение и жаждет привить ту же целеустремленность сыну, он нередко взваливает на неокрепшую душу такое бремя, что она попросту не выдерживает этой сокрушительной тяжести.
Занятия царевича, как мы уже видели, часто и надолго прерывались – то Архангельск, то Ниеншанц, то Нарва. А потом, в 1705 году, наставник царевича Гюйссен был отправлен за границу с дипломатическим поручением, которое на три года удалило его из России. В это время, когда и отец, и воспитатель, и учитель были в длительных отлучках, никто не обращал на царевича особого внимания.