Петр рассчитывал, что, введя президентов коллегий в состав Сената, сделает этот орган власти более эффективным, однако непрекращающаяся зависть и вражда среди сановных вельмож приводили к тому, что стоило им собраться в отсутствие царя, как начинались шумные споры и перебранки. Сенаторы, происходившие из древних родов, такие как Долгорукий или Голицын, презирали худородных выскочек Меншикова, Шафирова и Ягужинского. Президент Коллегии иностранных дел Головкин и ее же вице-президент Шафиров терпеть не могли друг друга. Столкновения становились все более ожесточенными, страсти накалялись, сенаторы открыто обличали друг друга в казнокрадстве. В конце концов, как раз когда Петр уехал на Каспий, была принята резолюция, где Шафиров обвинялся в возмутительном и беззаконном поведении в Сенате. По возвращении Петр отрядил Высший суд из числа сенаторов и генералов для рассмотрения этого дела. Съехавшись в Преображенское, судьи выслушали показания и приговорили Шафирова к смертной казни.
16 февраля 1723 года Шафирова в простых санях привезли из Преображенского в Кремль. Ему прочли приговор, сорвали с него парик и старую шубу и возвели на эшафот. Осенив себя крестным знамением, осужденный встал на колени и положил голову на плаху. Палач занес топор, и в этот момент вперед выступил кабинет-секретарь Петра Алексей Макаров и объявил, что из уважения к долголетней службе государь повелел сохранить Шафирову жизнь и заменить казнь ссылкой в Сибирь. Шафиров поднялся на ноги и со слезами на глазах, пошатываясь, сошел с эшафота. Его отвезли в Сенат, где потрясенные случившимся бывшие коллеги наперебой поздравляли его с помилованием. Чтобы успокоить натерпевшегося старика Шафирова, лекарь пустил ему кровь, и тот, размышляя о своем невеселом будущем в ссылке, промолвил: «Лучше бы открыть мне большую жилу, чтобы разом избавиться от мучения». Однако впоследствии ссылка в Сибирь для Шафирова с семейством была заменена на поселение в Новгороде. Уже после смерти Петра I Екатерина простила Шафирова, а при императрице Анне Ивановне он вновь вернулся в систему власти.
Новые административные органы зачастую не оправдывали надежд, которые возлагал на них Петр. Они были чужды российской традиции, а чиновники не имели ни нужных знаний, ни стимулов к работе. Грозная фигура вездесущего царя далеко не всегда вызывала у его подданных стремление проявить инициативу и решительность. С одной стороны, Петр приказывал действовать смелее и брать на себя ответственность, а с другой – сурово карал за всякую оплошность. Естественно, что чиновники всячески осторожничали и вели себя как тот слуга, который не вытащит из воды тонущего господина, покуда не убедится, что это входит в его обязанности и записано в контракте.
Со временем и сам Петр стал это понимать. Он пришел к выводу, что управление должно осуществляться посредством законов и установлений, а не понуканием со стороны власть имущих, включая и его самого. Не командовать людьми надо, а учить их, наставлять и убеждать, растолковывать, в чем состоят интересы государства, так, чтобы это было понято каждому. Поэтому царские указы, изданные после 1716 года, как правило, предварялись рассуждениями о необходимости и полезности того или иного законоположения, цитатами, историческими параллелями, обращениями к логике и здравому смыслу.
Несмотря на все недостатки, новая система государственного управления была полезным нововведением. Россия менялась, и изменившимся государством и обществом Сенат и коллегии управляли более эффективно, чем могли бы делать это старомосковские приказы и боярская Дума. И Сенат, и коллегии просуществовали в России до падения династии, хотя коллегии впоследствии были преобразованы в министерства. В 1722 году архитектор Доменико Трезини приступил к строительству необычайно длинного здания из красного кирпича на Васильевском острове, на набережной Невы. В нем предстояло разместиться коллегиям и Сенату. Ныне в этом строении, крупнейшем из сохранившихся с петровских времен, располагается Петербургский университет.