За назначением Яворского блюстителем патриаршего престола немедленно последовали преобразования. Дело суда и управления церковными имуществами сосредоточены были в Монастырском приказе, отданном в ведение светскому лицу, боярину Ивану Алексеевичу Мусину-Пушкину. Для прекращения жалоб на беспорядки монастырской жизни, на тунеядство и соблазнительное бродяжничество монахов и монахинь из одного монастыря в другой монахи и монахини были переписаны, и переход их из одного монастыря в другой запрещен, кроме важных законных причин; стража стала у ворот монастырских: монах и монахиня не могли выходить, кроме крайней необходимости, и то на короткое время; мирские люди могли входить только в церкви монастырские во время богослужения; жить в монастырях не могли; писать монахи и монахини могли только в трапезе с позволения начальства, ибо оказывалось, что в кельях писались вовсе не душеспасительные вещи. Нельзя было никого вновь постричь без царского указа.
Прежние монахи, говорил указ, содержали себя своими трудами и еще питали нищих; нынешние же нищих не питают, но сами чужие труды поедают, и потому Монастырский приказ, где сосредоточивались доходы с монастырских имений, выдавал монахам на содержание известное количество денег и хлеба, остальное должно было идти на пропитание нищих, в богадельни и в бедные монастыри, у которых не было вотчин. На монастырские доходы был построен в 1707 году в Москве за Яузою госпиталь, который служил вместе и медицинскою школою, в заведовании доктора-иностранца Бидлоо и русского лекаря Рыбкина. Чрез пять лет Бидлоо хвалился, что в госпитале вылечено более тысячи больных, хвалился и быстрыми успехами своих русских учеников, которые в количестве 33 человек ежедневно имели дело со сто, а иногда и с 200 больными. Москва очень нуждалась в медицине; по указу Петра за 1703 год подана была священниками первая ведомость о числе родившихся и умерших; оказалось, что число смертных случаев с лишком 2000 превышало число рождений.
Деньги из Монастырского приказа, т. е. собираемые с монастырских имений, шли также на печатание книг и на школы для духовенства, которые должны были заводиться и в других епархиях кроме московской. Указ 1708 года запрещал посвящать в священники и дьяконы, принимать в подьячие и никуда священнослужительских детей, которые не хотят учиться в школах. Разумеется, этот указ мог служить только побуждением к начатию школьного дела. «Что человека вразумляет, как не учение?» – писал св[ятой] Димитрий Ростовский. Он имел печальную возможность доказывать справедливость своих слов примером священников, каких он нашел в своей епархии и какие, разумеется, были во всех других епархиях: священнические сыновья приходили к нему ставиться на отцовские места; митрополит спрашивал их, давно ли причащались, и получал в ответ, что и не помнят, когда причащались. Св. Димитрий завел школу при своем доме; он сам должен был исполнять должность учителя, ибо где же было взять хороших учителей? При таком состоянии духовенства, разумеется, расколу было легко расширяться. «С трудом, – говорит св. Димитрий, – можно было найти истинного сына Церкви: почти в каждом городе изобретается особая вера, простые мужики и бабы догматизуют и учат о вере». Такое положение Церкви заставило св. Димитрия не ограничиваться устною проповедию, но вооружиться против раскольничьих учителей особою книгою, знаменитым «Розыском о раскольничьей вере». И люди, не принадлежавшие к расколу, обривши бороды по указу, сомневались в своем спасении, думая, что потеряли образ Божий и подобие; священники не умели их успокоить, они обратились к митрополиту, и тот должен был писать рассуждение «Об образе Божий и подобии в человеке».
Относительно школ для духовенства, разумеется, надобно было ограничиваться самым существенным, во-первых, потому, что учителей не было: новгородский митрополит Иов завел было в своей школе преподавание греческого языка, но скоро учителей взяли в Москву. С другой стороны, не было денег. Тобольский митрополит Филофей Лещинский писал, что надобно в его школе ввести преподавание латинского языка и принуждать учиться детей всякого звания. Петр велел ему ответить, что он должен обратить особенное внимание на преподавание славянского языка и того, что необходимо знать священнику и дьякону, катехизиса православной веры, чтоб могли учить мирских людей.