Кончина Натальи повергла Петра в глубокое горе. Несколько дней он не мог заговорить не разрыдавшись. Гордон приехал в Преображенское и нашел Петра «чрезвычайно опечаленным и удрученным». Похоронная процессия была величественна и торжественна, но Петр отказался участвовать в похоронах матери. И только когда все кончилось, он в одиночестве пришел помолиться на ее могиле. Он писал в Архангельск Федору Апраксину: «Беду свою и последнюю печаль глухо объявляю, о которой подробно писать рука не может, купно же и сердце. Обаче вспоминаю апостола Павла, „яко не скорбети о таковых“ и Ездры „еже не возвратити день, иже мимо идее“, сие вся, елико возможно, аще и выше ума и живота моего разсуждаю, яко всемогущему Богу и вся по воле своей творящу. Аминь. По сих [пор], яко Ной, от беды мало отдохнув и о невозвратном оставя, о живом пишу».
Дальше в письме шли инструкции по поводу строительства корабля в Архангельске, обмундирования матросов и других дел. В двадцать два года жизнь течет быстро и раны скоро заживают. Через пять дней Петр появился в доме Лефорта. Не было ни женщин, ни музыки, ни танцев, ни фейерверков, но Петр уже мог говорить о мирских делах.
Свою привязанность к матери Петр перенес на младшую сестру Наталью, жизнерадостную девушку, которая, даже не вполне понимая цели своего брата, всегда и всем сердцем его поддерживала. Она принадлежала к его поколению, и заграничные новшества вызывали ее любопытство. Однако после смерти царицы у Петра в семье не осталось твердой опоры: отец и мать мертвы, сводная сестра Софья заперта в монастыре. Была, правда, жена Евдокия, но он как будто совсем забыл и о ее чувствах, и о ее существовании. С уходом царицы Натальи исчезли последние узы, сдерживавшие порывы Петра. Он любил мать и старался угождать ей, но раздражение его все возрастало. В последние годы непрерывные ее попытки ограничить его свободу, пресечь стремление к новшествам и общению с иностранцами тяготили Петра. Теперь он был волен жить как хочет. Ведь Наталья, хоть на ней и сказались годы, проведенные в европейской атмосфере дома Матвеева, в основном осталась верна образу жизни старозаветной москвички. Ее кончина прервала последнюю прочную связь, соединявшую Петра с традициями прошлого. Только благодаря влиянию Натальи Петр еще участвовал в кремлевских церемониях. Через два с половиной месяца после ее смерти он появился вместе с Иваном на Пасху в большой придворной процессии, но это было в последний раз. С тех пор не существовало силы, способной заставить царя делать то, к чему у него не лежала душа.
Весной 1694 года Петр вернулся в Архангельск. На этот раз понадобилось двадцать две баржи, чтобы доставить его свиту в триста человек вниз по реке. Везли также двадцать четыре корабельные пушки, тысячу пищалей, множество бочек с порохом и еще больше бочек с пивом. Предвкушая новые плавания по морю, Петр на радостях произвел несколько старых друзей в высшие морские чины: Федора Ромодановского сделал адмиралом, Ивана Бутурлина – вице-адмиралом, а Патрика Гордона – контр-адмиралом. Кроме Гордона, никто из них сроду не бывал на корабле, а мореходный опыт Гордона сводился к пересечению Ла-Манша в каюте пассажирского судна. Сам Петр избрал звание шкипера, намереваясь принять командование голландским фрегатом, заказанным Витсену.
В Архангельске Петр отстоял благодарственный молебен в церкви Ильи Пророка, а затем сразу побежал на реку, чтобы увидеть свои корабли. Маленькая яхта «Святой Петр», полностью снаряженная и готовая выйти в море, стояла у пристани. Голландский фрегат еще не пришел, но судно, которое Петр заложил прошлым летом, было готово и ждало спуска на стапеле. Петр схватил кувалду, выбил подпорки и с наслаждением смотрел, как корпус корабля с плеском соскользнул на воду. Пока новое судно, окрещенное «Святым Павлом», оснащали мачтами и парусами, Петр решил не терять времени и побывать в Соловецком монастыре, расположенном на острове в Белом море. В ночь на 10 июня он взошел на палубу «Святого Петра», взяв с собой архиепископа Афанасия, несколько близких друзей и небольшой отряд солдат. Они отплыли вместе с отливом, но в устье Двины их застиг штиль, и лишь на следующее утро корабль вышел в Белое море, гонимый все свежевшим ветром. Небо темнело, ветер крепчал, и в восьмидесяти милях от Архангельска на крохотное суденышко обрушилась настоящая буря. Ветер с ревом рвал паруса с мачт, зеленые водяные горы перекатывались через палубу. Гигантские валы швыряли яхту то вниз, то вверх, грозя вот-вот перевернуть. Судовая команда – опытные моряки – молилась, сгрудившись в кучу. Пассажиры, сочтя, что они обречены, крестились и готовились к смерти. Насквозь промокший архиепископ с трудом пробирался среди них по уходящей из-под ног палубе, чтобы дать последнее причастие.