Еще одним поводом для открытого размежевания стал второй «победоносный» крымский поход князя Василия Голицына. Софья составила манифест о награждении «победителей». Но утвердить его должны были оба царя. С Иоанном проблем не было. Что касается Петра, то он был отлично проинформирован о действительных «подвигах» Василия Васильевича, о громадных потерях войска, иными словами, о полном провале похода. И Петр впервые пошел на открытую, уже политическую конфронтацию. Он отказался подписать манифест. Начались уговоры и просьбы, а так как по воле именно Софьи молодой царь жил не в Кремле, а в то время в Преображенском, то выглядело все это достаточно унизительно для регентши: ежедневно она отправляла боярские посольства к Петру и даже к ненавистной Наталье Кирилловне, надеясь, что та по мягкости характера уступит и уговорит упрямца. В конце концов, Петр уступил, но уступил лишь внешне: он поставил свою подпись под манифестом, однако наотрез отказался принимать Голицына и его свиту, когда князь явился в Преображенское благодарить царя за награды.
Софья была в ярости. Уступать власть правительница не собиралась. Под указами и грамотами она уже подписывалась «самодержица всея Руси». Хотя шаткость своего положения отлично сознавала. Тем более что к внешнеполитическим неудачам прибавились осложнения внутренние.
Основной своей опорой царевна по-прежнему считала стрельцов. Хотя кровавый стрелецкий бунт, приведший ее к власти, мог и самой Софье внушить страх: можно ли доверяться войску, которое так легко выходит из-под контроля и впадает в бешеное буйство?
Семь лет, находясь у власти, Софья опасалась стрелецкой вольницы, в которой сама пробудила жажду крови и разгула. Она понимала, что стрельцы могут стать недругами также легко, как стали союзниками.
И вот, в канун решающего момента, когда назревала последняя схватка за власть, именно со стрельцами у правительницы возник конфликт.
Начальник войска Иван Андреевич Хованский находился под большим влиянием тогдашнего главы московских раскольников Никиты Пустовята. Хованский требовал от Софьи организовать прилюдные споры о вере. Но она была воспитана на никонианских церковных правилах, к тому же в государстве, где и так было слишком много поводов для народного недовольства, только споров о вере и не хватало… Хованский имел громадное влияние не только среди стрельцов, но и среди бояр, и правительница боялась его. А потому поступила чисто по-женски: устроила коварную провокацию. Никита Пустовят был приглашен в Грановитую палату для беседы о вере с самим патриархом. Возник спор, спорящие стали бурно жестикулировать, и вдруг Софья, вскочив со своего места, призвала охрану. Она заявила, будто священник ударил патриарха. Правда, стрельцы не решились схватить Пустовята, и он покинул Кремль, но спустя несколько дней был схвачен и казнен по обвинению в покушении на владыку.
Князь Хованский был разгневан, и царевна поняла, что уже не может положиться на него. Впрочем, это, скорее всего, и входило в ее планы. В ту пору у правительницы возник новый роман: разочаровавшись, видимо, в Голицыне, она увлеклась боярином Федором Шакловитым. Этого чернобрового красавца правительница прочила сделать командиром стрельцов. А для этого Хованского нужно было устранить. Снова сработал заговор. Под каким-то предлогом князя заманили в Коломенское, якобы для конфиденциальной беседы с правительницей, и там он был убит.
Видимо, этот шаг был тактическим просчетом Софьи. Вступив в любовную связь с Шакловитым, она потеряла поддержку Голицына, который, несмотря на свои политические промахи, был все же умным и достаточно порядочным человеком, по-своему преданным царевне. Пошатнулась и вера в Софью среди стрельцов — многие не простили ей убийства Хованского, равно как не могли забыть крымских походов.
Накануне роковых событий осени 1689 года Софья, выходя из храма, спросила склонившихся перед нею стрельцов: «Годны ли мы вам?» Ответом было молчание…
И при этом все чаще и чаще царевне говорили, что народ склоняется к мысли о необходимости утвердить на царстве Петра.
Два откровенных убийства — священника и командира стрельцов — сошли правительнице с рук, и она решилась на убийство брата.
В ночь с 7 на 8 августа в Кремле было прочитано подметное письмо, где говорилось, будто «потешное войско» царя Петра (об этом войске речь впереди) идет к Кремлю, чтобы убить Софью, ее приближенных и царя Иоанна. Стрельцов поставили под ружье, установили охрану Кремля и созвали еще один отряд в триста человек, которых Софья думала двинуть на Преображенское, чтобы захватить Петра врасплох. Правда, стрельцам толком ничего не объяснили, но многие догадались. А двое, поняв, в какое грязное дело их втягивают, помчались в Преображенское.