В Петропавловской крепости перед посетителями материально предстает русская история. А казематы и бывшая секретная тюрьма Трубецкого бастиона свидетельствуют о произволе самодержавия и мужестве, непреклонности представителей трех поколений русских революционеров. Никакие насилия, чинимые царскими сатрапами, не смогли сломить боевого духа борцов за свободу, уничтожить их веру в победу прогрессивных сил, веру в освобождение отечества от самодержавия и классового угнетения.
В настоящее время в бывшей тюрьме Трубецкого бастиона некоторые камеры восстановлены в таком виде, в каком их оставили член Исполнительного комитета «Народной воли» А. И. Желябов, брат В. И. Ленина А. И. Ульянов, великий пролетарский писатель А. М. Горький, соратники и ученики В. И. Ленина - А. С. Шаповалов, Ф. В. Ленгник, П. Н. Лепешинский, Н. Э. Бауман и другие революционеры.
Трудно переоценить значение Петропавловской крепости и как памятника отечественного зодчества. Крепость с ее бастионами и куртинами - уникальный памятник фортификационного искусства XVIII века. Крепость - средоточие ценнейших по своему художественному значению построек. Архитектура ее сооружений отражает основные этапы развития зодчества за два предреволюционных столетия. Эпоха стиля барокко представлена Петропавловским собором, Обер-комен-дантским домом, Петровскими и Иоанновскими воротами, шедевром русского прикладного искусства - резным иконостасом в соборе и живописью. Павильон дедушки русского флота - Ботный дом - один из первых памятников переходного периода, когда в русской архитектуре, вытесняя барокко, утверждался классицизм. Памятниками классицизма являются Невские ворота и пристань, а также строгий фасад Монетного двора. Эклектизм в зодчестве конца XIX века отразился в архитектуре бывшей великокняжеской усыпальницы и здания архива в Алексеевском равелине.
Музейная работа в Петропавловской крепости была прервана в годы Великой Отечественной войны.
В 1941 - 1943 годах гитлеровские орды, блокировав Ленинград, стремились стереть с лица земли великий город. В крепости, как и повсюду в городе, разместились зенитные батареи и прожекторные отряды противовоздушной обороны. От вражеских артиллерийских обстрелов и бомбардировок пострадали сооружения крепости, часть их была разрушена или повреждена. Сильно пострадали Екатерининская куртина, здание бывшего казначейства и гранитная пристань.
Сразу же после окончания войны начались восстановительные работы. В Петропавловской крепости прежде всего была удалена маскировочная покраска со шпиля и куполов собора. И вновь над городом заблестел золотой шпиль Петропавловского собора.
Особенно крупные восстановительные и реставрационные работы развернулись в крепости в связи с 250-летием Ленинграда. Были реставрированы Петровские, Невские и Иоанновские ворота, Ботный дом, гауптвахта и другие музейные объекты.
Реставрационным работам предшествует и сопутствует большая исследовательская работа ученых - архитекторов, инженеров, искусствоведов.
Коллектив научных сотрудников Музея истории Ленинграда собирает документальные, иконографические материалы по истории крепости и отдельных ее сооружений.
Перед началом реставрации Петровских ворот было проведено тщательное исследование памятника. Научно проведенная реставрация обветшавших ворот освободила их от многочисленных ремонтных наслоений.
Наиболее трудной в историко-научном отношении, трудоемкой и дорогой была реставрация Петропавловского собора, который в дореволюционное время многократно подвергался всяческим «обновлениям», не имевшим ничего общего с реставрацией. Вследствие этого многие элементы архитектуры и оформления интерьера были утрачены или искажены. В частности, не раз грубо подновлялись роспись стен и живопись в иконостасе, менялась окраска стен и пилонов.
В 1952 году в связи с первой после Великой Отечественной войны внешней окраской собора архитектор А. А. Кедринский обмерил фасады собора и колокольни. В 1957 году были закончены большие реставрационные работы в соборе, которые возглавила архитектор И. Н. Бенуа. Тогда для обследования состояния шпиля был осуществлен подъем на его вершину. Архитектор Ю. П. Спегальский и альпинист-спортсмен О. П. Тихонов поднялись к венчающему шпиль кресту и к фигуре ангела. Сперва они использовали лестницы внутри шпиля, и лишь последнюю треть высоты преодолели, поднимаясь по наружной грани шпиля от скобы к скобе. Верхолазы определили объем необходимых работ по реставрации и позолоте шпиля, проверили прочность железного каркаса огромной фигуры ангела. Каркас был очищен от ржавчины и окрашен для предохранения от коррозии. Медные пластины, составляющие фигуру ангела, и почти весь шпиль были вновь позолочены.