Осмотрев стоявшие на рейде суда, Дрейк вернулся на свой корабль. В это время в порт вошло испанское судно «Святой Христофор» и стало рядом с «Золотой ланью». Матросы — народ общительный, и испанцы со «Святого Христофора» стали спрашивать людей со стоявшего рядом корабля, кто они такие. Дрейк приказал одному из пленных испанцев отвечать по-испански то, что он ему будет говорить. Все, казалось, складывалось благоприятно для англичан. Их присутствие не было обнаружено. Но произошла случайность, которую никак нельзя было предусмотреть. Хотя уже близилась полночь, приход корабля был замечен с берега, и к нему была послана шлюпка с таможенниками. Когда шлюпка подошла к борту испанского судна, таможенный офицер спросил его название и сказал, что осмотр судна будет произведен утром следующего дня. Поскольку «Золотая лань» стояла рядом, то и она привлекла внимание испанцев. Очертания судна удивили таможенного офицера. Подойдя вплотную к кораблю, испанцы спросили у команды его название. В ответ послышалось: «Святой Христофор». Это испугало испанского офицера, и, крича «Французы! Французы!», он приказал что есть силы грести к берегу. Видя, что без шума не обойдется, Дрейк приказал спустить шлюпку, догнать и захватить испанских таможенников. Это сделать не удалось: испанская шлюпка уже достигла берега. Тогда Дрейк приказал спустить другую шлюпку с вооруженными матросами, чтобы захватить стоящий рядом «Святой Христофор». Но атака англичан была отбита успевшими приготовиться к обороне испанцами. Когда английская шлюпка вернулась к «Золотой лани», «Святой Христофор» уже снялся с якоря. Дрейк послал вдогонку за ним пиннасу с вооруженными матросами. На этот раз англичанам сопутствовала удача. Они настигли испанский корабль уже у выхода из гавани и захватили его. Но команда успела спустить шлюпку и направиться к берегу. На борту остались лишь два матроса и слуга-негр. Тем временем «Золотая лань» снялась с якоря и вышла в открытое море.
В городе поднялась тревога. Звонили колокола церквей. Вооруженные жители собирались для отражения нападения. Известие о появлении корсаров достигло дворца вице-короля. Вице-король Перу дон Луис де Толедо в боевых доспехах, сопровождаемый отрядом кавалеристов с развевающимся королевским штандартом, прискакал на базарную площадь Лимы и призвал всех жителей города к обороне. Уже стало известно, что нападавшие были не французы, а англичане, приплывшие с юга. Вице-король послал генерала Диего де Фриаса Трейо с его солдатами в порт для захвата англичан. Но когда они достигли Кальяо, то увидели лишь огни «Золотой лани», скрывавшейся за островом, расположенным при входе в гавань. За ней шел захваченный англичанами «Святой Христофор».
Узнав об этом, вице-король послал солдат в Кальяо и, посадив их на два корабля, приказал преследовать и захватить английский корабль. Командование этой операцией он возложил на генерала Диего. Такова была обычная практика испанцев в то время. Морские операции, если в них принимали участие сухопутные войска, проводились под командованием сухопутных офицеров, морские же офицеры ставились в подчиненное положение. И в этом случае главное командование было отдано генералу Диего, а адмирал Педро де Арана должен был ему подчиняться. Когда испанские корабли вышли в море, «Золотая лань» находилась уже в двадцати милях от них. Дрейк увидел преследователей, когда корабли вышли за остров. Он, оставаясь совершенно спокойным, распорядился перевести груз со «Святого Христофора» на «Золотую лань» (в трюмах захваченного испанского судна оказались шелк и полотно). Когда груз был доставлен на «Золотую лань», Дрейк разрешил всем испанцам, кроме, разумеется, необходимого ему да Сильвы, вернуться в Лиму на «Святом Христофоре». Английские же матросы, находившиеся на захваченном корабле, перешли на «Золотую лань». Попутный ветер крепчал, и «Золотая лань» быстро увеличивала расстояние между собой и преследовавшими ее испанскими кораблями.
Испанцы целый день преследовали «Золотую лань». Но, убедившись в бесцельности этого, вернулись в Кальяо. Вице-король был в ярости. Он разжаловал генерала Диего. Небольшой фрегат был послан во все порты между Лимой и Панамой, чтобы предупредить о появлении английского судна. Когда «Святой Христофор» вернулся в Лиму, стало известно имя капитана английского корабля, этого «дьявола Дрейка», вызывавшего особую ненависть испанцев за действия в Номбре-де-Диос и Картахене.