В Плимуте Дрейк узнал наконец о судьбе кораблей своей флотилии. «Златоцвет» со всем экипажем погиб во время страшной бури, которая разметала корабли флотилии при входе в Тихий океан. «Елизавета» же вернулась в Плимут еще в июне 1579 г. Ее капитан Д. Винтер объяснил свое возвращение тем, что этого от него потребовала команда. Как было на самом деле — сказать трудно. Два свидетеля, оставившие описания плавания «Елизаветы», Джон Кук и Эдвард Клифф, напротив, утверждали, что решение о возвращении в Англию принял сам Винтер. Более того, Клифф даже подчеркивал, что капитан сделал это вопреки желанию экипажа. Скорее всего дело было так. Прождав три недели Дрейка в одном из заливов Магелланова пролива, куда он спрятался от бури, Винтер, считая, что оба судна погибли, не решился один продолжать опасное плавание и повернул назад к удовольствию команды.
Воспользовавшись сообщениями об эпидемии в Плимуте и не зная, что его ждет, как его встретит королева, Дрейк счел за благо отойти подальше от родных берегов и встать на якорь у острова Святого Николая (названного впоследствии островом Дрейка), находящегося при входе в Портсмутскую гавань. Теперь, если обстановка сложится для него неблагоприятно, он сможет незаметно скрыться в спасительном просторе океана.
Дрейк написал письмо королеве. Он рассказал ей о главных эпизодах долгого плавания, сообщил о захваченных сокровищах. Передать письмо королеве он просил одного из своих музыкантов — Тома Броуера. Тем временем Дрейка посетили его жена Мэри и мэр Плимута. Из разговора с ними Дрейк узнал много неприятного. Герцог Парма, племянник Филиппа И, подавлял протестантские восстания на севере Нидерландов, борясь со сторонниками Вильгельма Молчаливого. Во Франции герцог де Гиз, креатура Филиппа, был более могуществен, чем Карл IX. В июле 1579 г. папские волонтеры высадились на юге Ирландии и помогли восставшим. Но самое неприятное было то, что после смерти в августе 1580 г. португальского короля Филипп II стал наиболее вероятным претендентом на вакантный престол. Он приказал войскам герцога Альбы вступить на территорию Португалии, и там, в битве у Алькантары, испанцы разбили сторонников дона Антонио, другого претендента на португальскую корону.
Захватив Португалию, Филипп получил бы также ее владения в Африке и в Бразилии. Кроме того, он стал бы хозяином мощного португальского флота. Дрейк узнал также, что среди ближайших советников королевы разгорелись споры по поводу захваченных Дрейком богатств. О том, что Дрейк награбил очень много, стало известно в Англии еще задолго до его возвращения. Английские купцы в Севилье сообщили Винтеру, когда тот на «Елизавете» возвращался в Англию, о ходящих в городе слухах, что Дрейк захватил драгоценностей на 600 тыс. дукатов. Ряд советников королевы во главе с канцлером Берли настаивали на возвращении захваченных ценностей их владельцам, а до того требовали поместить их в Тауэр. Уолсингем, Хеттон, граф Лестер — пайщики предприятия Дрейка — возражали против этого. Поползли слухи, что королева была «недовольна Дрейком, узнав о его грабежах в Перу». Понятно, с каким нетерпением ждал Дрейк ответа Елизаветы. Люди из его экипажа зло шутили, что его ждет или Тауэр, или адмиралтейский суд.
Наконец был получен ответ королевы. Запершись в своей каюте, Дрейк лихорадочно читал послание своей повелительницы. Содержание его положило конец беспокойству. Королева приказывала Дрейку немедленно явиться ко двору, взяв с собой наиболее интересные предметы из захваченных драгоценностей. В этом же письме она давала секретные поручения местному судье Эдмунду Тремейну, соседу и приятелю Дрейка, присматривать за оставшимися богатствами, спрятав их в надежном месте. Дрейк, не теряя времени, нагрузил несколько лошадей мешками с золотом, серебром и драгоценными камнями и отправился в Лондон.
Пока Дрейк мчался в столицу, споры между министрами Елизаветы о дальнейшей судьбе захваченных богатств продолжались. Лорд Берли по-прежнему требовал их помещения в Тауэр для последующей передачи испанцам. Массу энергии тратил испанский посол Бернардино де Мендоса, добиваясь возвращения сокровищ. Выполняя приказ короля Филиппа, он вскоре после возвращения «Золотой лани» в Плимут передал Елизавете подробный перечень награбленного Дрейком и потребовал немедленного суда над ним.
Королева действовала в своем излюбленном стиле. Разве может она наказывать Дрейка до тех пор, пока не выяснит сама у него все обстоятельства. А разве может она что-нибудь узнать у Дрейка, не видя его?