Но такой ли была его история, какой ее традиционно представляют, следуя официальной версии английского правительства? Впервые сомнение стали высказывать в прошлом веке католические историки, исходя, разумеется, из своих собственных мотивов. В литературе возник спор, не закончившийся и поныне. Он выявил, насколько всесильный Сесил был заинтересован в «пороховом заговоре», который дал желанный повод усилить репрессии против католиков. Вряд ли можно сомневаться, что Сесил заранее что-то знал о планах Кетсби и что его агенты-провокаторы действовали в рядах заговорщиков. Но это еще не доказывает, что весь «пороховой заговор» был сфабрикован министром (на чем особенно настаивают авторы-иезуиты, защищающие честь ордена). В истории заговора многое остается невыясненным. Куда девали заговорщики огромное количество земли, вырытой во время подкопа? Малоправдоподобно, чтобы они могли незаметно разбросать ее в крохотном садике около дома или (как считал известный английский историк С. Гардинер) выбросить в Темзу. Где заговорщики добыли такую массу пороха, производство которого было государственной монополией? Интересно, что, когда в связи с какими-то финансовыми расчетами решили проверить данные о расходе пороха, хранившегося в Тауэре, это было разрешено сделать лишь за период с 1578 по 1604 г. Расследование было прекращено как раз в год «порохового заговора», а впоследствии сведения за этот год и вовсе затерялись. В правительственной версии изложение обстоятельств ареста Фокса полно противоречий. Исследования архивных материалов показали, что судья Кок производил какие-то сложные подчистки и исправления в протоколах допросов, снятых под пыткой с арестованных заговорщиков.
Большая часть того, что мы знаем о заговоре, известна из исповеди Томаса Винтера. Однако действительно ли сохранившийся ее экземпляр, считаемый подлинником, написан Винтером? Он подписан «Winter», хотя сам Томас Винтер в других случаях неизменно писал свою фамилию по-другому — «Wintour». Имеется немало косвенных данных, заставляющих предполагать, что действительный текст исповеди был переписан — с добавлениями и исправлениями — кем-то другим, ловко подделавшим почерк Винтера. Им мог быть наш старый знакомец Томас Фелиппес, сыгравший роковую роль в гибели Марии Стюарт. После воцарения Якова, который любил сохранять внешние приличия, шпион был уволен со службы и переведен на пенсию. Фелиппес на собственный страх и риск завязал провокационную переписку с английскими эмигрантами на континенте и угодил в Тауэр за самовольное вмешательство в государственные дела. Но через некоторое время он был выпущен из тюрьмы по ходатайству его бывших сослуживцев — Левинса Мунка, правой руки Сесила, и коменданта Тауэра Уильяма Уода. У Роберта Сесила были в подчинении и другие эксперты по подделке документов. Если «пороховой заговор» был действительно спровоцирован Сесилом, ловкий министр мог заронить мысль о взрыве парламента в голову Кетсби, прибегнув к помощи лорда Монтигла. Через него же, вероятно, Кетсби был осведомлен о том, что король будет присутствовать на заседании парламента. Юридически оно являлось не открытием новой сессии, а возобновлением работы старой. В таких случаях король обычно не появлялся в парламенте, исключение было решено сделать потому, что в 1605 г. предстояло обсуждение особо важного вопроса о законодательной унии с Шотландией. О решении короля прибыть в парламент заранее было известно только очень узкому кругу. И все же Кетсби, близкий к придворной среде, мог узнать об этом решении не только от Монтигла.
Сцена в замке Хокстон, очевидно, была заранее разыгранным представлением. Сесил хотел, вероятно, таким путем предоставить возможность тщеславному королю самому разъяснить туманный смысл письма и считать, что он лично разоблачил заговор. Несомненно, что Сесил имел не одного своего шпиона в среде заговорщиков, в их числе мог быть и Томас Уорд. Очень двусмысленна роль Трешама, с арестом которого Сесил медлил несколько дней и который умер в Тауэре до суда (официально — от удушья) при довольно подозрительных обстоятельствах. Правда, «предосторожности» в отношении Трешама могли быть вызваны тем, что он слишком много знал о роли Монтигла. Некоторые исследователи считают, что правительственным шпионом мог быть один из главных организаторов «порохового заговора» — Томас Перси.
В 1967 г. в издательстве Оксфордского университета вышла книга литературоведа Б. Н. Де Луна, в которой высказывается предположение, что ????аюнтом Сесила был известный драматург Бен Джонсон, встречавшийся с Кегсби. По-видимому, попытки Бена Джонсона оправдать свою роль можно усмотреть в его трагедии на сюжет из древнеримской истории «Заговор Катилины» (эта пьеса была впервые поставлена на сцене в 1611 г.).