Убийство адмирала Чухнина и постоянные бунты Черноморского флота вызвали решение Морского министра сменить в этом флоте всех главных начальников, прислав их туда из Балтийского флота: Главным командиром — адмирала Скрыдлова, начальником штаба — адмирала Сарнавского, командующим эскадрою — меня, командирами четырех броненосцев: капитанов 1 ранга Эбергардта, Шульца (капитан 1 ранга Шульц был командиром 5 судна моего отряда — крейсера «Кагул», переименованного на «Память Меркурия»), Акимова, Петрова и Ергамышева.
3-го августа я представился Царю в Петергофе и, получив от него напутственные благопожелания о «приведении в христианство» Черноморской эскадры, уехал в Севастополь. Черноморский отряд («Пантелеймон», «Ростислав», «Три Святителя», «Кагул», «Память Меркурия», 8 миноносцев, заградитель «Дунай» и транспорт «Кронштадт») я принял от адмирала Матусевича, уехавшего отсюда в отпуск по болезни. Он страдал от ран, полученных под Артуром в сражении 28 июля 1904 г.
Личный состав Черноморского флота не любил ходить в море. Флот держался на рейде, связанный с берегом, где у каждого почти офицера жила семья, а у многих был и свой домик. До постройки броненосного флота весь личный состав жил в захолустном Николаеве. Судов почти не было, и первые шаги морской службы молодых офицеров протекали в обстановке хуторской жизни. Мичмана рано женились, за женой получали дом или пригородный хутор и обзаводились семьей. Потом в Севастополе, где на новых судах требовалась линейная служба, офицеров притягивал берег, а корабль был для них лишь кратковременным местом нескольких часов ежедневной службы. Матросы тоже были связаны с берегом, у каждого в городе была кума, а у старших были и жены.
Весь личный состав флота после занятий в 5 ч вечера разъезжался на берег, а на корабль все возвращались только к подъему флага в 8 ч утра. Весь вечер и ночь команды оставались одни без надзора, революционные комитеты могли беспрепятственно присылать своих агентов (они переодевались в матросскую форму и свободно приезжали с берега на судовых же шлюпках) и всю ночь свободно вести в трюмах агитацию.
Я отдал приказ, чтобы все офицеры обязательно ночевали на своих судах, возвращаясь с берега не позже 12 ч. ночи. Главному командиру я заявил, что стоять в Севастополе я с эскадрой не буду, а выведу ее в море для обхода портов. Постоянной стоянкой для рейдовых учений я избрал Двухъякорную бухту (на восточном берегу Крыма, возле Феодосии), где нет соблазна для съезда на берег, а в Севастополь буду заходить не чаще 1 раза в месяц для возобновления запасов и погрузки угля. Скрыдлов опасался, чтобы с эскадрой не повторилась та же история, что была прошлым летом с «Потемкиным» (командиром был капитан 1 ранга Е.Н. Голиков), который, стоя один в пустынной Тендровской бухте, перебил всех судовых офицеров и пошел гулять по Черному морю, угрожая портам своими орудиями, когда те отказывались отпустить ему провизию. Но вскоре Скрыдлов со мной согласился, и я увел эскадру в море.