Как только Наполеон прибыл в Каир, он немедленно основал Институт Египта и дал ему длинный список задач. Работу института он считал настолько важной, что во время пребывания в стране подписывался сначала как «Член Института Египта», а только затем как «Главнокомандующий». В области искусств институту было поручено изучать местные памятники и древности, написать историю Древнего Египта и составить французско-египетский словарь. Инженеры получили распоряжение подготовить проекты водохранилищ и выяснить причины ежегодных наводнений. Агрономам было дано задание освоить посев новых сельскохозяйственных культур. В задачи медиков входило исследование офтальмии, болезни, часто встречающейся в Египте, а также решение санитарно-гигиенических проблем страны. Химики принялись изучать потенциал добычи полезных ископаемых для пороха и красителей. Кроме того, ученые проводили исследования миражей, крокодилов и гиппопотамов. Были запланированы перепись населения, картографирование территории, а также исследования по геологии и естественной истории.
Члены комиссии собрались из всех слоев интеллектуальной элиты Франции. Это были химики, зоологи, инженеры, минерологи, физики, экономисты, металлурги, художники, врачи, археологи, поэты и драматурги. Одного из этих людей привлек камень, найденный солдатом в деревушке Розетта. На каменной плите были нанесены надписи на трех языках: двух вариантах египетского письма и греческом. Камень перевезли в Александрию (где он позже перешел в руки англичан, захвативших город) и сделали c него оттиски. По этим копиям французский ученый Жан Франсуа Шампольон в 1822 году расшифровал древние письмена.
Другие подземные секреты раскрыл математик Жан Батист Фурье, также член наполеоновской комиссии и постоянный секретарь Института Египта, в чьи задачи входило обследование памятников Верхнего Египта. Фурье был фаворитом императора, и по возвращении во Францию он удостоился должности префекта провинции Изер и кавалера Ордена почетного легиона. Еще в Египте у Фурье случилась болезнь щитовидной железы, вероятно, микседема — он страдал от отеков губ и языка, выпадения волос и потери памяти. Кроме того, всю оставшуюся жизнь он непрерывно мерз. Возможно, именно необходимость все время находиться в жарко натопленном помещении заставила его обратить внимание на физику тепла.
В 1807 году он представил на суд французского научного сообщества самое масштабное исследование по физике со времен Ньютона. Его работа была посвящена первому в истории науки математическому исследованию распространения тепла. Он описал материалы, удерживающие, поглощающие и проводящие тепло. Каждое из этих свойств обуславливалось физическими характеристиками материалов. Свою теорию он применил к изучению температуры земной поверхности. Фурье обратил внимание, что независимо от нагрева земли солнцем в разные часы или разное время года температура глубоко под землей всегда постоянна. Фурье пытался сформулировать закон о том, как нагрев поверхности влияет на температуру глубинных слоев, но, к своему удивлению, обнаружил, что на большой глубине, температуры на самом деле очень высоки.
Законы о распространении тепла, сформулированные Фурье, использовал в своих расчетах возраста Земли шотландский ученый Уильям Томсон. Поскольку с увеличением глубины нарастает температура, следуя законам Фурье он пришел к выводу, что первоначально наша планета находилась в расплавленном состоянии. А так как перенос тепла со временем замедляется, сначала Земля должна была остывать гораздо быстрее. Если дело обстояло именно так, то в древние времена, когда Земля активно выделяла тепло посредством вулканической активности, температура поверхности должна была быть существенно выше, чем сейчас. Это предположение подтверждалось находками окаменелых пальмовых листьев в подземельях Парижа.