Во Франции Джефферсон сначала был торговым посланником и курировал подготовку торговых соглашений между новой республикой и европейскими странами. Год спустя он становится послом во Франции и начинает вращаться в кругах интеллектуальной элиты. Джефферсон всегда интересовался науками (в особенности агрономией и метеорологией) и в своих путешествиях по Европе делал заметки об изобретениях и новшествах, с которыми ему приходилось сталкиваться — об английских гребных винтах, выращивании риса в Италии, французских каналах и новых технологиях строительства в Амстердаме. Живя в Париже, он интересовался воздухоплаванием81
— 20, 69, 135 и виноделием (попутно запасаясь прекрасным бургундским и мускатами). Как посол он был вхож в общество самых выдающихся мыслителей того времени, таких как Кондорсе (с ним Джефферсон вел споры о конституции Франции) и Ларошфуко.В 1786 году Джефферсон встретился с Жоржем Луи Леклерком, также известным как граф де Бюффон, с научными работами которого был раньше знаком. В те годы Бюффон почитался за светило французской науки, был директором Королевского ботанического сада и автором многотомного фундаментального труда по естественной истории. При жизни автора свет увидели только тридцать шесть томов из пятидесяти. Самым известным стал пятый том «Эпохи природы», изданный в 1778 году, в котором Бюффон предложил периодизацию геологической истории. В этой работе он впервые высказал мысль, что планеты возникли вследствие столкновения Солнца с кометой. Историю Земли он разбил на семь эпох (по числу дней творения), каждая из которых длилась тридцать пять тысяч лет.
Бюффон был ярым критиком Америки и поощрял подобные настроения во французской ученой среде (большинство ученых, как и Бюффон, никогда не посещали Америку). В то время в некоторых французских научных работах высказывались диковатые теории о том, что вследствие особых климатических условий на американском континенте животные отстают в развитии (а особенно в размерах) от европейских. Также утверждалось, что коренное население Америки — недоразвитые карлики, у которых отсутствует половое влечение, что огромные территории страны покрыты густым гнилостным туманом и изобилуют ящерицами, змеями и чудовищными насекомыми, что лягушки в Луизиане весят четырнадцать килограммов и что сифилис пришел из Америки.
В ответ на эти небылицы Джефферсон попросил Джорджа Салливана, губернатора Нью-Гемпшира и своего друга, прислать ему кости и шкуры оленя вапити, американского лося, северного канадского оленя. Полученные экспонаты он выставил в Королевском музее в качестве доказательства того, что американские животные — вовсе не недомерки. Бюффон пообещал исправить свои ошибки в следующем издании «Естественной истории», но до следующего издания не дожил.
Как и все ученые того времени, и Джефферсон и Бюффон интересовались находками ископаемых животных — их остатки могли заполнить пробелы в Великой цепи бытия. Этот теоретический конструкт был введен еще Аристотелем и использовался в науке уже две тысячи лет. Он основывался на тезисе о том, что все формы живого были созданы в момент творения и образуют иерархию существ — от примитивных форм жизни до ангелов, наиболее близких к Богу, — причем отличия между соседними звеньями этой цепи бесконечно малы. Поскольку предполагалось, что все эти существа были созданы одномоментно, то наличие видов, слишком далеко отстоящих друг от друга в развитии, означало для ученых, что существуют промежуточные формы, человечеству еще не известные.
В предыдущем веке ученые Лондонского королевского научного общества считали своим долгом «изучить все звенья этой цепи, пока все их секреты не откроются нашему разуму, а действие их не будет повторено или усовершенствовано нашими руками. Это значит повелевать миром, расположить все виды и степени вещей в должном порядке, чтобы, стоя на вершине, мы смогли узреть все то, что находится под нами и сделать пригодным для использования во имя спокойной, мирной и богатой жизни человека». Определение и присвоение имен каждому живому организму цепи бытия должно было помочь раскрыть всю полноту божественного замысла.
Умы мыслителей XVII столетия занимал вопрос — какую роль эти «неуловимые различия» играли во взаимосвязи одной живой формы цепи с другой. Сколько было делений и подразделений? Существовали ли переходные виды? Эта «проблема перехода» в свое время приведет к возникновению эволюционной теории, а в XVII веке лакуны в цепи бытия просто объясняли пробелами в знаниях человека о мире.