Лекции по философии имели для Бора только информативное значение. Хёффдинг не пытался выработать у своих слушателей определенную философскую систему; он излагал студентам проблемы философии, следуя процессу их развития в истории духовной жизни человечества, как бы заставляя слушателей участвовать в попытках отдельных философов и философских школ дать ответ на основные проблемы мышления.
По-видимому, молодой Бор не увлекся ни одной из философских систем. Однако известно, что ему очень нравились некоторые мысли Спинозы. Охотно читал он также сочинения своего соотечественника Кьеркегора, одного из предшественников экзистенциализма, восхищаясь больше их блестящим стилем, чем содержанием. Но более всего своим вниманием к философии Бор был обязан непритязательной книжке одного датского автора, в юмористической форме толковавшей диалектику Гегеля.
Двадцати пяти лет, в 1910 году, Нильс Бор получил степень доктора философии в университете своего родного города, написав работу по электронной теории металлов. Он расширил и углубил те методы исследований, которые были разработаны Дж.Дж. Томсоном и Г.А. Лоренцом. При этом он впервые столкнулся с квантовой гипотезой Планка.
После защиты диссертации молодой исследователь провел несколько месяцев в Кембридже в известной Кавендишской лаборатории, в которой тогда работал Дж.Дж. Томсон. Затем он направился в Манчестер к Эрнсту Резерфорду, одному из самых блестящих физиков-атомщиков начала XX века. Там он занимался вначале теоретическим исследованием торможения альфа- и бета-лучей, а затем приступил к изучению структуры атомов. Почти четыре года, если не считать временную доцентуру в Копенгагене, работал Бор под руководством Резерфорда.
Письма того времени свидетельствуют о его благодарности учителю (см. факсимиле).
Исходя из резерфордовской модели атома, Бор, вернувшись в Копенгаген, в начале 1913 года развил новый взгляд на строение атома водорода. При содействии Резерфорда его работа "О строении атомов и молекул" была опубликована в "Философикал Мэгэзин". В этой работе Бор творчески объединил идеи Резерфорда, Планка и Эйнштейна, спектроскопию и квантовую теорию.
На основе экспериментов по прохождению альфа-лучей сквозь вещество, связав их с работами Филиппа Ленарда и Жана Перрена, Резерфорд предположил, что атом состоит из положительно заряженного ядра, которое, несмотря на малый размер, заключает в себе почти всю массу атома, и какого-то числа отрицательно заряженных электронов, которые вращаются вокруг атомного ядра по орбитам, как планеты вокруг своего центрального светила. Химическую связь между атомами различных элементов Резерфорд объяснил своего рода взаимодействием между внешними электронами соседствующих атомов; она определяется атомным ядром только опосредованно: его электрическим зарядом, который регулирует число электронов в электрически нейтральном атоме.
Хотя эта модель атома позволяла объяснить некоторые физические и химические явления, однако она не подтверждалась опытом спектроскопии. Остающиеся неизменными, четко обозначенные спектры атомов нельзя было объяснить на основе представлений Резерфорда. Резерфордовский атом не согласовывался также с законами электродинамики Максвелла - Лоренца. При таком строении атом должен был быть в высшей степени неустойчивым, через кратчайшее время он бы распался, потому что вращающиеся электроны, потеряв свою энергию на излучение, упали бы на ядро и пришли бы в состояние покоя.
Против резерфордовской модели атома можно было выдвинуть еще одно возражение, которое Гейзенберг сформулировал так: "Никакая планетная система, которая подчиняется законам механики Ньютона, никогда после столкновения с другой подобной системой не возвратится в свое исходное состояние. В то время как, например, атом углерода остается атомом углерода и после столкновения с другими атомами или после того, как он, вступив во взаимодействие с другими атомами, образовал химическое соединение".
Заслуга Бора в том, что он устранил коренные недостатки, присущие модели, предложенной Резерфордом, введя учение о квантах света в теорию строения атома. Его "портрет атома" - это чисто механическая модель с ядром и электронами, которые вращаются вокруг ядра по оптимальным, жестко фиксированным орбитам, представляющая собой, по словам Бора, "маленькую механическую систему, которая в известных главных чертах напоминает нашу планетную систему". Однако ведет себя эта атомная система не так, как классическое механическое образование, которое может принимать и отдавать любое количество энергии, а совершенно по-иному, в соответствии с законами квантового учения.
Десять лет спустя Планк говорил, что смелость теории атомного механизма Бора и полнота его разрыва с укоренившимися и якобы надежными воззрениями не имеет себе равных в истории физической науки. Теория Бора блестяще согласовалась с фактами, что как раз и является важнейшей задачей теории. Наряду с несомненным дарованием в "искусстве синтеза" он обнаружил также отчетливое понимание действительности.