К вечеру Дрейк приказал двигаться дальше. Пиннасы держались близко к берегу, чтобы дозорные в Номбре-де-Диос их не обнаружили. Когда до порта оставалось всего шесть миль, Дрейк приказал остановиться. Дождались полной темноты и вновь поплыли. Стараясь производить как можно меньше шума, вошли в гавань. Стали на якорь. Дрейк шепотом отдал приказание всем отдыхать. Спутники Дрейка были очень молодые люди, почти мальчики. Нервы их были напряжены. Полная темнота действовала угнетающе. В голову лезли тревожные мысли. Вспоминались рассказы встреченных негров о Номбре-де-Диос. Воображение рисовало его в виде большого города, подобного Плимуту. Смогут ли они его захватить? Дрейк уловил настроение своих людей. Бездействие угнетало их. Надо было что-то предпринять. Увидев, что луна показалась над горизонтом, Дрейк воскликнул; «Солнце встает. Начинается день. Время пришло!» Атака на Номбре-де-Диос началась в три часа утра, на час раньше намеченного времени.
Но опять неожиданность поджидала Дрейка. Через несколько минут после того, как пиннасы двинулись к берегу, в залив вошло испанское торговое судно. Двигавшиеся по заливу четыре незнакомых корабля вызвали подозрение испанского капитана, он понял, что случилось неладное. С корабля была спущена лодка с гонцом, чтобы предупредить людей в городе. Дрейк, увидев это, закрыл своими судами подход к берегу, отрезав лодке путь. Его матросы в это время уже высадились на суше. Они увидели шесть пушек, установленных на платформе, возвышавшейся над заливом, которые охранял лишь один солдат. Заметив высадившихся на берег англичан, он убежал. Вскоре в городе зазвонили колокола, раздался барабанный бей. Вероятно, убежавший солдат поднял тревогу.
Оставив двенадцать человек охранять пиннасы, Дрейк повел остальных на вершину холма, находившегося в восточной части города. Там, как ему сообщили встреченные негры, стояла артиллерийская батарея, которая могла обстреливать весь город. Но ее не оказалось. Хотя места для установки пушек были сделаны, самих пушек не было. Дрейк дал приказ атаковать город. Его брат Джон и высокий сероглазый девонширец Джон Оксенгем с шестнадцатью людьми пошли к зданию казначейства. Сам Дрейк повел 40 человек к рынку, находившемуся в центре города, приказав бить в барабаны и трубить, чтобы усилить страх жителей. Но уже рассвело, и испанцы увидели, что силы напавших незначительны. Они приободрились. Дрейк был ранен в ногу. Испанцы перешли в атаку. Но неожиданно за их спинами раздался боевой клич англичан: «Святой Георгий!» Это Джон Дрейк со своими людьми напал на испанцев с тыла. Те дрогнули и побежали. Дрейк остался хозяином положения. Были взяты несколько пленных. Дрейк приказал привести их к нему. «Где дом губернатора?» — спросил он. Получив ответ, Дрейк бросился туда. В доме губернатора складывалось серебро, доставляемое мулами. Именно серебро, а не золото. Подойдя к дому, Дрейк увидел, что дверь открыта. Около нее стоял прекрасный пони. Он был оседлан и, казалось, поджидал хозяина или хозяйку. Но дом был пуст, зажженные канделябры на верху лестницы бросали желтый свет на стены. Однако Дрейка не отвлекла эта романтическая картина. Он спешил к драгоценностям. Ему говорили, что они находятся в подвале дома.
Спустившись в подвал, Дрейк и его люди увидели груды серебра. Но Дрейк запретил трогать его. «Мы не можем сейчас его взять с собой, — сказал он. — Мы должны сражаться. Город полон вооруженных людей. Они преследуют нас. Да потом ведь это лишь серебро, а золото и бриллианты в казначейском доме на берегу залива. Скорее туда, там мы возьмем столько драгоценностей, что они смогут утопить наши пиннасы. Надо спешить».
Матросы послушались Дрейка и пошли за ним. Но вскоре Дрейк получил известие, что пиннасы на берегу могут быть захвачены испанцами, если он со всеми людьми до наступления темноты не придет на помощь. Дрейк тотчас послал брата и Оксенгема сообщить, что он скоро придет к берегу, а сам направился к дому казначейства. Вернувшиеся Джон Дрейк и Оксенгем рассказали, что марон по имени Диего прибежал из города к пиннасам и просил охранявших их матросов спасти его. Диего рассказал, что неделю назад 150 солдат были посланы губернатором Панамы защитить город от маронов, т. е. он подтвердил то, что Дрейку рассказали негры со встретившихся ему испанских судов. Обстановка с каждой минутой становилась все опаснее. Дрейк должен был действовать быстро и точно, чтобы сокровища оказались в его руках.
Но тут счастье изменило Дрейку. Разразился сильнейший тропический ливень. У людей Дрейка вымок порох, запалы мушкетов гасли, тетива луков ослабла. Все были близки к панике. Тогда Дрейк закричал: «Я привел вас в «сокровищницу мира». Если вы уйдете отсюда без сокровищ, то вините в этом только себя!»