Пираты британской короны Фрэнсис Дрейк и Уильям Дампир

Англичан ждала другая неприятность, когда они перед атакой лежали в лодках в болотистых мангровых зарослях, изнуряемые москитами. Они увидели свет сигнальных факелов там, где они предполагали высадиться на рассвете. Англичане слышали голоса испанских солдат, переговаривающихся в близлежащем лесу, звон колоколов в городе и одиночные выстрелы в той части города, которая подходила к воде. Англичане принялись горячо обсуждать, что делать и не вернуться ли назад. Дампир сказал, что буканьеры в таких случаях обычно отступают, Роджерс предложил компромиссное решение: отступить на лодках, используя отлив, с тем чтобы на следующий день попытаться напасть на город.

Утром следующего дня опять состоялся военный совет, Довер предложил послать трубача с белым флагом с предложением продать испанцам за наличные деньги пленных и товары и объявить, что в случае отказа на город будет совершено нападение. Роджерс возразил, что такие переговоры лишь дадут врагу время перегруппировать силы и лучше подготовиться к отражению нападения. Но большинство поддержало предложение Довера, считая, что он сам должен выполнить эту миссию. Довер же попытался свалить все на Роджерса. Спор затягивался, грозя провалить замеченное предприятие. Тогда Роджерс предложил, чтобы вместо трубача были посланы два испанца из команд захваченных кораблей для передачи губернатору предложения англичан. Это было всеми принято. И вместо неожиданной атаки на город начались 12-дневные переговоры с испанцами на чисто коммерческой основе.

Губернатор начал с подарка, передав англичанам муку, кур и вино. Он согласился прибыть на борт английского корабля на следующий день. Когда же он не сдержал своего слова, англичане сказали ему, что сожгут город, если он не придет, добавив, что размер выкупа должен быть не менее 100 тыс. ф. ст. Губернатор сначала предложил 80 тыс., а потом 60 тыс. ф. ст. Роджерс настаивал, чтобы ему было выплачено 80 тыс. ф. ст.

Переговоры затягивались, и Роджерс решил атаковать город. Пушки, установленные на носу лодок, открыли огонь, в то время как Роджерс, Довер и Кортни во главе отряда из 70 человек высаживались на берег. Англичане после ожесточенной перестрелки захватили всю береговую линию и вышли на окраину города. На одной из улиц у церкви они увидели четыре пушки, наведенные на них. Роджерс во главе группы из 10 человек бросился на орудийную прислугу. Испанцы были перебиты, орудия были захвачены. К группе Роджерса вскоре присоединились другие. Они начали захват города, а Дампир с группой матросов был оставлен защищать подходы к лодкам. К утру англичанам удалось овладеть пригородом. Они захватили десятка два пленных. Начался погром. Взламывались двери церквей, и оттуда уносилась дорогая утварь, грабились магазины и жилые дома. От разрушения города англичане пока воздерживались, полагая, что теперь уж губернатор отдаст им требуемую сумму выкупа. В ходе дальнейших переговоров сумма выкупа была уменьшена до 60 тыс. ф. ст. с условием, что то, что уже было награблено англичанами, останется у них, а именно: 230 мешков муки, 15 бочонков масла, 160 бочонков вина, 4 бочонка пороха, 1 тонна дегтя, 150 тюков различных товаров и драгоценности на сумму около 1,2 тыс. ф. ст.

Губернатор согласился, и 28 апреля англичане ушли из города, увезя захваченную добычу на лодках. Деньги губернатор обещал прислать позднее в обмен на пленных, захваченных в городе. Через неделю к Пуне подошла лодка, на которой было доставлено 44 тыс. ф. ст. После угрозы англичан увезти с собой в Англию пленных испанцев губернатор прислал еще 7 тыс. ф. ст. В ответ на это Роджерс освободил пленных.

Вскоре после того как английские корабли исчезли в открытом океане, за ними по распоряжению вице-короля Перу была послана погоня: три испанских и одно французское судно. Но они не сумели найти англичан.

В это время англичане тяжело расплачивались за свой успех в Гуаякиле. В городе, как оказалось, свирепствовала эпидемия какой-то тяжелой болезни. Роджерс называет ее в своих записях злокачественной лихорадкой, а Довер — чумой. Англичане подхватили там инфекцию, и на пути к Галапагосским островам, куда направились их корабли, число больных доходило до 150 человек. Излечившись от болезни пуншем, Роджерс распорядился лечить всех других больных тем же способом.