Сан-Мартин прибыл в Буэнос Айрес в 1812 году и поступил в распоряжение временного правительства. Первым его действием было формирование регулярного полка гренадеров, с которым он при поддержке капера-масона Иполито Бушара, француза по происхождению, разбил испанцев, мародерствовавших на берегах Ла-Платы. Затем он возглавил так называемую Северную Армию, с которой начал успешную кампанию по объединению революционных территорий. Ему удалось провести свою армию через обрывистые скалы Анд, где к нему присоединился О'Хиггинс, разгромленный испанцами при Ранкагуа, и вместе они начали победоносную кампанию по освобождению Чили, в результате которой Бернардо О'Хиггинс был назначен высшим руководителем (
Тем временем Миранда, воспользовавшись сопротивлением, оказанным Жозефу Бонапарту в Испании, и созывом Кадисских кортесов, получил поддержку английских и североамериканских масонских лож и отправил в Венесуэлу две революционные экспедиции, которые были разгромлены. Но семя их проповеди пало на плодородную почву, и в 1811 году началась война за независимость Венесуэлы, возглавленная молодым масонским полковником Симоном Боливаром, к которому Миранда поспешил присоединиться. Стратегия масонов по освобождению южноамериканских колоний состояла в одновременном наступлении обоих военно-революционных командиров, Сан-Мартина с юга и Боливара с севера, что позволило бы захватить испанские войска в «клешни», отрезав им пути к отступлению. При этом многочисленные каперы патрулировали берега Тихого океана, чтобы воспрепятствовать появлению подкрепления из Мексики или Центральной Америки.
Сан-Мартин погрузил свою армию и боеприпасы на каперскую эскадру и вышел из порта Вальпарайсо в сентябре 1820 года. Его целью было нападение на вице-королевство Перу, где поднял восстание масон каталанского происхождения Антонио Хосе де Сукре. Совместно им удалось разгромить испанцев, и они вступили в Лиму в августе следующего года. Сан-Мартин провозгласил независимость Перу, как когда-то сделал это в Чили. Победоносный генерал принес свободу уже трем новым государствам: Соединенным Провинциям Ла-Платы (территория которых включала в себя современную Аргентину и Уругвай) и республикам Чили и Перу.
Тем временем Боливар столкнулся с многочисленными политическими и военными трудностями, среди которых отставка Миранды и завоевание испанцами Каракаса. Но с поддержкой Анри Кристофа, негритянского «короля» Гаити, он собрался с силами и продолжал сражаться, пока не освободил Венесуэлу, возглавив правительство новой республики. В 1818 году, исполняя план, утвержденный масонством, он начал так называемую Центральную Кампанию, целью которой являлось освобождение территорий современных Колумбии и Эквадора, чтобы завершить окружение испанских войск и встретиться с Сан-Мартином. В августе следующего года он вошел в Боготу вместе с Сукре, затем освободил Кито и присоединил все эти территории к Венесуэле, образовав Великую Колумбию. Он назвал громадную страну в честь великого мореплавателя-масона, благодаря которому было официально признано существование Нового Света и заслуги которого так и не были отражены в сколь-нибудь значимых географических названиях.
Наконец, в июле 1822 года два триумфальных освободителя встретились в эквадорском городе Гуайакиль. Там произошла их знаменитая секретная встреча, содержание которой историкам так и не удалось выяснить, и до сих пор по этому поводу ведутся жаркие споры. Известно лишь, что после этой встречи Сан-Мартин отказался от всех своих постов и титулов, оставив завершение кампании и причитающиеся за нее почести Боливару. Освободитель Юга вскоре принял предложение французской ложи поселиться в Булонь-сюр-мер, на проливе Ла-Манш, где провел остаток своей жизни. Умер он в очень преклонном возрасте в 1850 году. Что же вынудило героя трех народов оставить все, когда он приближался к вершине своей славы? Что из сказанного Боливаром в Гуайакиле заставило его принять столь бесповоротное решение? Официальная история Аргентины предполагает «героическое отречение» по причине отсутствия поддержки со стороны правительства Буэнос Айреса. Некоторые историки, склонные к пересмотру официальной трактовки, утверждают, что Сан-Мартин страдал от тяжелого недуга, несмотря на его долголетие, или же что его суровый нрав восстал против тщеславных амбиций Симона Боливара (это кажется тем более правдоподобным, если принять во внимание известную склонность венесуэльского освободителя к хвастовству). Но представляется довольно странным, что Сан-Мартин, если его действительно не устраивал лично Боливар, подарил ему свою армию и свои завоевания, а кроме того, шанс завершить славный подвиг освобождения Южной Америки.