Однако и Каликут, и некоторые другие индийские прибрежные государства, несмотря на поражения, боролись с удивительным упорством. Португальцам стало ясно, что придется держать в океане постоянный сильный флот, а для этого нужны крепости, на которых флот может базироваться. Индия была объявлена вице-коро-левством Португалии, и первый вице-король, д'Алмей-да, отправился туда в 1505 году. Вмешавшись в династические распри в Килве, д'Алмейда посадил на престол своего ставленника и основал там крепость, в которой оставил полутысячный гарнизон. Он построил форты в Софале и Мозамбике, разрушил до основания Момбасу, заключил союз с пиратом Тимоджи, услугами которого решил пользоваться против мусульманского судоходства.
К этому времени известия о зверствах португальцев вызвали возмущение в Передней Азии, и турецкий султан даже пригрозил, что разрушит все христианские святыни в Палестине и Сирии, если португальцы не прекратят террора.
От португальской политики пострадали не только мусульманские торговцы Ближнего Востока — это был удар и по христианской Венеции. Поэтому, когда египтяне стали собирать флот, чтобы разгромить португальцев в Индийском океане, их тайно поддерживали венецианские купцы. Из Венеции поступали корабельный лес и пушки, оттуда прибыли и советники.
В 1508 году египетский флот вышел в Красное море. Под Чаулом он настиг португальскую эскадру, которой командовал сын вице-короля. В бою португальская эскадра была уничтожена и ее командир погиб.
Вице-король собрал все свои силы. У португальцев было явное превосходство в артиллерии, их корабли были подвижнее и крепче, чем египетские. После ожесточенного боя с каликутско-египетским флотом д'Алмей-да одержал победу, обеспечившую португальцам господство на морских путях в Индию.
В 1509 году, когда эскадра вице-короля возвращалась на родину, было решено наказать готтентотов, которые «посмели» сопротивляться, когда у них отбирали скот и захватывали рабов. Д'Алмейда сам возглавил карательный отряд. Однако, когда закованные в латы португальцы, преследуя врагов, отошли от берега, готтентотские пастухи сумели прогнать стада между берегом и португальцами. Португальцы были окружены и перебиты. Погиб и вице-король Индии.
Не так гладко, как хотелось бы португальцам, шли поначалу их дела и при следующем вице-короле — д'Альбукерки, который после захвата ряда арабских крепостей на берегах Аравийского моря по настоянию маршала Португалии Фернана де Коутиньо, специального посланника короля Маноэля, предпринял новую акцию против Каликута. Маршал Португалии, второй человек в королевстве, желал обязательно войти во дворец заморина с хлыстом в руке. Существование непокоренного Каликута было вызовом португальскому могуществу.
Португальцы высадили на берег сильный десант и после упорного боя пробились во дворец. Де Коутиньо, верный своему обету, не выпускал из руки хлыста. Но когда португальцы бросились к сундукам и в подвалы, воины заморина окружили дворец и перебили всех португальцев, в том числе и маршала. Д'Альбукерки бросился спасать вельможу, но сам был тяжело ранен. Каликут остался независимым.
Д'Альбукерки искал для португальцев в Индии надежную базу. Такой ему показался Гоа. Со второй попытки португальцы захватили город и перебили всех мусульман без различия пола и возраста. Превращенный в неприступную крепость, Гоа стал столицей португальских владений на Востоке.
В 1511 году д'Альбукерки захватил Малакку и тем самым замкнул на востоке цепь португальских крепостей в Индийском океане. На западе в 1514 году был захвачен Ормуз у входа в Персидский залив. Таким образом, всего через пятнадцать лет после возвращения Вас-ко да Гамы из первого путешествия Португалия стала хозяйкой Индийского океана. При д'Альбукерки она достигла вершины своего могущества. И хотя в последующие годы португальцы отыщут пути к Китаю и Японии и завладеют Молуккскими островами (теми Островами пряностей, к которым они так стремились), вся дальнейшая история их колониальной империи — медленное умирание. Д'Альбукерки был первым и последним строителем ее, последующие вице-короли — в лучшем случае защитниками. Остается добавить, что д'Альбукерки так и не увидел родины: его победили раны, климат и интриги придворных. Когда он уже был тяжело болен, ему сообщили, что в Гоа прибыл новый вице-король. Д'Альбукерки сразу стало хуже, и 8 ноября 1515 года он умер.
Двенадцать тысяч крузейро.