Путешествие через Атлантический океан заняло пятьдесят четыре дня. Здесь очень пригодился португальский лоцман: путь на юго-запад, к бразильским берегам, был еще мало знаком англичанам. Дрейк проводил много времени над картами и в беседах с да Силвой, с которым он постепенно сблизился. Он также внимательно присматривался к экипажам кораблей, особенно к офицерам, не гнушаясь при этом и сплетнями. Именно тогда Дрейк узнал, что его старый друг Том Доути имел во время месячной стоянки на Темзе тайную беседу С противником путешествия лордом Бэгли. Вызывал подозрения и капитан «Елизаветы» Уинтер, сын одного из пайщиков, навязанный компаньонами. Когда эскадра достигла берегов Патагонии с их холодом, туманами и дождями, Дрейку донесли, что Уинтер сказал своем кормчему: «Если бы я знал раньше, что так выглядит Александрия, предпочел бы, чтобы меня избили кнутом за дезертирство». Хотя это была шутка — Уинтер с самого начала знал, куда идет эскадра, — Дрейк запомнил эти слова: он не любил сомнительных шуток.
20 июля 1578 года увидели знак, оставленный Магелланом на том месте, где он подавил бунт и расправился с недовольными, неподалеку нашли человеческие кости. Дрейк также объявил, что раскрыл заговор, однако до сих пор никто не знает, существовал ли заговор на самом деле, или Дрейк счел нужным его изобрести, чтобы припугнуть недовольных. Друг Дрейка, Доути, обвиненный в измене, был обезглавлен тут же на берегу. Историки спорят, в чем же была вина Доути, вспоминают трогательные детали суда и казни, когда Дрейк и Доути, преклонив колена, получили отпущение грехов, обнялись и Доути отдал себя в руки палача. Дрейк надеялся, что теперь никто из капитанов не посмеет вести себя самостоятельно. Будущее показало, что он ошибался.
20 августа показался вход в Магелланов пролив, и корабли осторожно поползли меж мрачных, извилистых берегов. Дрейк искал могучее течение, увлекающее корабли из Атлантического океана в Тихий. Течения не было: оно было придумано испанцами, чтобы отпугнуть конкурентов.
«Мы видели огни, выходящие из земли, и птиц, которые не умеют летать», — записывал в своем дневнике прижившийся на «Золотой лани» да Силва. Этот дневник, как и воспоминания другого участника путешествия, Флетчера, служит основным источником сведений об экспедиции Дрейка. Сам Дрейк в отличие от многих знаменитых пиратов и путешественников ничего о своих приключениях не написал.
Посреди Магелланова пролива Дрейк приказал пристать к берегу, срубить дерево и положить его в трюм, чтобы привезти королеве Англии как доказательство того, что он прошел пролив. Затем Дрейк высадился на один из островов в проливе и объявил его собственностью королевы.
7 сентября 1578 года первые английские корабли прошли Магелланов пролив, и сейчас же для Дрейка и его спутников начались суровые испытания. Через два дня после того, как корабли вышли в Тихий океан, налетела буря. Три недели корабли несло на юг. Сквозь туман и струи ливня Дрейк увидел скалы — возможно, мыс Горн, но так до конца дней и не узнал, что был близ южной оконечности материка.
Наконец шторм немного утих. Показались какие-то острова, на которых нашлась пресная вода. Корабли, все еще державшиеся вместе, снова взяли курс на север. Однако, как только они поравнялись с Магеллановым проливом, начался новый шторм. 30 сентября большие корабли потеряли из виду малютку «Мэриголд», которую занесло в Магелланов пролив. Она погибла на рифах, и никто с нее не спасся. В ту ночь пропала и «Елизавета». Прождав ее несколько дней, Дрейк приказал идти на север. Так «Золотая лань» осталась одна.
Судьбу «Елизаветы» мы знаем в подробностях, так как на ее борту также оказался «писатель» — матрос Эдвард Клифф.
«Елизавета» укрылась в Магеллановом проливе и два дня стояла на якоре. Капитан Уинтер приказал зажечь на берегу большие костры, чтобы дать знак «Золотой лани». Затем, так как погода все еще была неустойчивой, Уинтер приказал перевести «Елизавету» поглубже в пролив, где она простояла еще неделю. Матросы разбрелись по берегу в поисках пищи, собирали раковины и пытались ловить рыбу в холодной воде. На Огненной Земле как раз наступала весна, но моряки не ждали ее. Они думали, что в октябре будет холоднее, чем в сентябре, — законы Южного полушария были им еще не знакомы.
Казалось бы, ничто не мешало Уинтеру отправиться к месту встречи у берегов Чили, однако он продолжал стоять на якоре. По вечерам Уинтер собирал матросов и читал им вслух описание путешествия Магеллана, особенно те главы, в которых рассказывалось, как цинга косила матросов и как долог был путь через Тихий океан. Матросы поняли, что капитан стремится домой. Как пишет Клифф, «мы покинули стоянку 1 ноября, прекратив наше путешествие, поддавшись уговорам мистера Уинтера и против воли прочих моряков».