В начале марта к Маниле стекались суда из разных районов Филиппин, из Южных морей, от Малакки и Молукк. Начинался большой торг, во время которого привезенные местными торговцами товары скупались испанцами. В торге принимали участие и представители короны, которые имели право тратить на закупку товаров часть денег, полученных с населения в качестве налогов. Таким образом, груз манильского галеона — государственного нао — состоял частью из товаров, собственником которых был король Испании. Некоторые трюмы передавались Консуладо — торговой корпорации. Стоимость товаров, которые разрешалось грузить в эти трюмы, первоначально ограничивалась четвертью миллиона песо при условии, что прибыль не превысит ста процентов. Вскоре, правда, эта квота была поднята до трех четвертей миллиона, а практически купцы перевозили значительно большие ценности, да и прибыли были выше. Кроме того, капитан судна и члены команды также имели право погрузить свое добро.
Груз манильского галеона состоял из золота, шелка, драгоценных камней (среди которых выделялись китайский жемчуг, бирманские рубины и сапфиры с Цейлона), слоновой кости, мускуса, ковров, благовоний, говорящих попугаев, резных шкатулок из сандалового дерева, китайского фарфора, пряностей и многого другого.
В середине июня после богослужения в соборе и молебна на борту, после шумного праздника в городе, под фейерверк и канонаду галеон поднимал паруса. Сотни лодок провожали его до выхода из манильской гавани — Коррехидора, на палубе играл оркестр.
Галеон шел на север, пока не достигал Японского течения (Куросио), а затем поворачивал к востоку. Путешествие было очень долгим. Иногда галеон добирался до Америки семь-восемь месяцев, а так как большую часть времени его пассажиры и команда не видели берегов, то лишения, которым они подвергались, даже трудно представить. Хотя существовали определенные нормы, которыми руководствовались капитаны, снаряжая корабли того времени, даже соблюдение их не спасало команду от цинги, дизентерии и других болезней. Основной пищей моряков были сухари, солонина и сыр; кроме того, на английских кораблях положено было выдавать матросам галлон пива в день, а на испанских или португальских — вино. Но за месяцы пути пиво скисало, вино превращалось в уксус, солонина протухала, плесневели сыр и сухари. Подсчитано, что к моменту, когда показывались берега Америки, теряли до пятидесяти процентов команды и пассажиров.
Если все складывалось благополучно, то поздней осенью галеон бросал якорь в Акапулько, в Мексике, где его уже с нетерпением ждали и где в честь его прибытия устраивалась большая ежегодная ярмарка, на которую за сотни миль съезжались испанские купцы. Прибыли часто превышали двести процентов, и тот, кто выживал в путешествии, богател.
Весной следующего года галеон отправлялся в обратный путь. Он вез на Филиппины новых чиновников, торговцев, искателей приключений, королевскую и частную почту, товары из Испании и, что самое главное, деньги, вырученные за товары манильских купцов, а также так называемую Реал Ситуадо — королевскую дотацию Филиппинам, жалованье солдатам и чиновникам, без которой колония не могла бы долго продержаться. Деньги помещались в окованных железом сундуках, и добраться до них можно было только через люк в капитанской каюте — иного пути в сокровищницу гал лиона не было. Всего в сундуках находилось до трех миллионов восьмиреаловых монет (мексиканских долларов или песо). И если галеон не достигал Филиппин, то это было ударом не только по торговцам и мелким вкладчикам, но и по филиппинской государственной машине.
Обратный путь галеона, как и путь к Америке, был одним из наиболее тщательно охраняемых секретов испанской короны и, как свойственно таким секретам, вскоре стал достоянием пиратов. Галеон шел на юг, пока не достигал широты 13 или 14 градусов, а затем брал курс на запад, к острову Гуам; отсюда начинался опасный отрезок пути, потому что в Южных морях появились голландские и английские пираты, подбиравшиеся в поисках желанной добычи даже к Коррехидору.
Врагами галеонов кроме пиратов были тайфуны, унесшие немало больших кораблей, и рифы. Порой проходило два или три года, прежде чем манильский галеон выходил в плавание. Однажды прошло пять лет без галеона, и отсутствие денег в филиппинской казне привело колонию к банкротству. Наконец, как ни странно, «недругами» манильских галеонов оказались несуществующие Серебряный и Золотой острова. Эти легендарные земли лежали якобы к юго-востоку от Японии в Тихом океане, и мало кто из командиров галеонов удерживался от соблазна потратить несколько дней на поиски этих земель. Дело дошло до того, что в 1741 году испанский король был вынужден издать специальный указ, запрещающий манильским галеонам искать эти острова.