Один из первых больших конвоев должен был идти из Австралии через Индийский и Атлантический океаны в Англию, однако его отплытие несколько раз откладывалось из-за угрозы нападения «Кенигсберга» и «Эмдена». Наконец конвой все-таки двинулся, охраняемый австралийскими и английскими военными судами.
«Эмден» между тем в очередной раз ускользнул от преследовавшего его английского крейсера «Ярмут», и капитан фон Мюллер решил напасть на радиостанцию на Кокосовых островах (острова Килинг), с тем чтобы прервать связь между Австралией и Южной Африкой. Указаний из Германии давно уже не поступало, все немецкие колонии в Океании пали, путь на восток был блокирован японским флотом. Команда крейсера устала от беспрерывных скитаний. «Эмден» вот-вот должен был завершить свою эпопею. Но то, что это случится всего через несколько часов, никто на борту крейсера не подозревал.
Когда «Эмден» высадил десант у радиостанции, на горизонте показались дымы. Крейсер тут же бросился наперехват, так как фон Мюллер решил, что приближается торговый караван. Когда расстояние сократилось, оказалось, что рейдер столкнулся с конвоем, который состоял из нескольких десятков грузовых судов, окруженных почти всем австралийским флотом и несколькими английскими крейсерами и миноносцами.
После минутной растерянности англичане, ожидавшие в любой момент нападения эскадры Шпее или «Кенигсберга», поняли, что перед ними лишь легкий крейсер. Вдогонку за «Эмденом» бросился австралийский крейсер «Сидней». «Эмден», котлы которого требовали чистки, не мог развить своего хода, и «Сидней» вскоре настиг его. Бой между двумя кораблями длился почти до заката. «Эмден» сопротивлялся до последнего снаряда.
Наконец фон Мюллер приказал взять курс на коралловые рифы. Разгромленный, тонущий крейсер, который получил в Германии к этому времени гордое прозвище «Лебедь Востока», на полном ходу вполз на рифы и, скрежеща днищем, замер. Еще много лет ржавеющий корпус с обвалившимися, словно упавшие кегли, трубами и чудом сохранившейся фок-мачтой возвышался над рифами. Шлюпки с «Сиднея» подошли к борту, и капитан «Эмдена» сдался в плен. Теперь в Индийском океане остался лишь один немецкий рейдер — неизвестно куда исчезнувший «Кенигсберг».
В последний раз его видели на Сейшельских островах.
Зимой небольшая рыбачья шхуна на Махе — столицы Сейшельских островов — подошла к одному из ненаселенных атоллов неподалеку от Мадагаскара — Альдабре. Атолл образует лагуну, достаточно большую и глубокую, чтобы туда мог войти крупный корабль, но низкие берега атолла, поросшие лишь кустарником, не позволяют в нем укрыться. Капитан рыбачьей шхуны увидел над рифами верхушки мачт и труб неизвестного судна. В Махе уже несколько месяцев только и разговоров было что о немецких рейдерах, и капитан решил, что нашел немецкого пирата. Прежде чем отправиться в Махе, чтобы сообщить о своей находке, капитан спустил на берег матроса, который должен был укрыться в кустах и наблюдать за кораблем. На следующий день крейсер развел пары и вышел в море. Наблюдатель заметил, что он взял курс на юго-восток.
Сообщение с Сейшельских островов позволило английским охотникам за рейдером установить, что атолл Альдабра — одна из секретных баз «Кенигсберга». На всякий случай на атолле был установлен постоянный пост.
Поиски продолжались безрезультатно до тех пор, пока английский крейсер «Чатам» не остановил немецкое госпитальное судно. При обыске судна были найдены документы, из которых стало ясно, что немецкие лихтеры возят уголь в устье реки Руфиджи, где, казалось бы, им делать совершенно нечего. И действительно, «Кенигсберг» оказался там, где его никто и не думал искать.
Если у капитана Лоофа, командира «Кенигсберга», и были еще планы выходить в пиратские набеги, то к весне 1915 года от них пришлось отказаться. Англичане прочно контролировали побережье Восточной Африки, и «Кенигсберг» остался совершенно один против нескольких сильных крейсеров союзников. Кроме того, торговые суда уже не выходили в море в одиночку, и охота за ними была слишком опасна. Прорыв в Атлантику и на север также исключался. И тогда Лооф и Леттов-Форбек решили сохранить крейсер любой ценой. Пусть он остается таинственной и неопределенной угрозой. Пусть само его существование заставляет трепетать противника. Поэтому крейсер был введен в основную секретную базу в дельте Руфиджи.
Оказывается, пока английские крейсеры рыскали по всему океану в поисках пирата, он спокойно отстаивался у них под боком, на полдороге между Дарэс-Саламом и Линди.