На корабле находилась состоятельная голландская дама Корнелия Лукреция Янс, которая ехала в сопровождении служанки Жанте к своему мужу в Батавию. Капитан Якобс еще в начале путешествия обратил на нее внимание, но дама отвергла его ухаживания; после этого капитан переключил усилия на служанку и быстро добился взаимности. Теперь Иероним Корнелис должен был распустить слух, что Лукреция Янс ведьма, и подговорить матросов вымазать ее дегтем (капитан даже предложил изрезать ей лицо бритвой, но Корнелис его от этого отговорил). Расчет был на то, что Пелсерт вынужден будет принять суровые меры против участников этой операции. Тогда за матросов вступятся остальные члены экипажа — между солдатами Пелсерта и моряками отношения были натянутыми.
Вечером, когда Пелсерт лежал у себя в каюте, матросы во главе со старшим боцманом ворвались в каюту Лукреции (дверь была не заперта — об этом позаботилась Жанте) и вытащили ее на палубу. Надругавшись над Лукрецией, они затем вымазали ее дегтем и грязью. Священник, оказавшийся поблизости, бросился к Пелсерту, который поднялся с постели и вызвал стражу. К тому времени, когда он добрался, поддерживаемый помощниками, до палубы, солдаты уже разогнали матросов, а пассажирки помогли Лукреции вернуться в каюту.
Пелсерт не сомневался, что капитан, несмотря на свое показное возмущение происшедшим и клятвенные обещания строго наказать виновных, является зачинщиком всей этой истории. В ту же ночь Пелсерт пригласил трех верных офицеров на совет. На палубе, требуя утопить ведьму, шумели матросы. Арестовать их значило сыграть на руку капитану, оставить безнаказанными — подорвать дисциплину, придать заговорщикам уверенность.
Пелсерт не успел прийти к какому-либо решению. Той же ночью «Батавия» налетела на рифы у небольшого архипелага, состоящего из скал и голых песчаных островков, в нескольких десятках миль от северного берега Австралии.
Якобс сообщил Пелсерту, что немедленной опасности кораблю нет и что он продержится на плаву по крайней мере до утра, однако пассажиров и солдат предложил перевезти на берег. Первую спущенную шлюпку разбило волнами о борт, за места в других шла драка. Наконец спустили благополучно шлюпку, в которую поспешили сойти Пелсерт и его офицеры; вслед за ними на берег отправился капитан. Старшим на тонущем корабле остался Корнелис. Пока матросы, разбив бочонки с вином, пировали, Корнелис поднял люк в полу каюты Пелсерта и спустился в кладовую, где хранились деньги и драгоценности. Там он взломал сундуки, надел на шею массивную золотую цепь, украшенную изумрудами, и позвал матросов. Те в восторге набивали монетами карманы. Это входило в планы Корнелиса. Теперь матросы были связаны круговой порукой, так как совершили одно из самых серьезных преступлений — запустили руку в казну Компании.
Не ведая о том, что творится на борту «Батавии», Пелсерт приказал в поисках воды обследовать остров, на который высадились потерпевшие кораблекрушение. Воды на острове не оказалось. Была послана шлюпка на соседний клочок земли, также оказавшийся безводным. Тогда несколько солдат, сколотив плот, поплыли к большому острову, видневшемуся на горизонте.
Поняв, что расправиться с Пелсертом сейчас нельзя (тот все время находился в окружении верных людей), капитан предложил ему отправиться на поиски воды на боте. План Якобса заключался в том, чтобы убить Пелсерта, как только остров скроется из виду, а самому направиться к Яве. Там он должен был сообщить, что «Батавия» погибла, а Пелсерт остался сторожить груз. Следующим шагом было получить корабль для спасения груза и людей и привести к месту катастрофы, где Корнелис должен был все подготовить для его захвата. Потом можно будет забрать ценности и отправиться в плавание.
План был связан с определенным риском, но имел и шансы на успех. Впрочем, Пелсерт, соглашаясь плыть с Якобсом, также надеялся как можно скорее добраться до Явы. Его беспокоила судьба сундуков с деньгами, а поиски воды были только предлогом.
Команду бота подбирали капитан и старший боцман. Пелсерту команда не понравилась, и он под предлогом малочисленности экипажа бота взял с собой двух верных офицеров и пятерых солдат. Это не испугало капитана, потому что на боте у него было пятнадцать верных людей. На счастье Пелсерта, по пути им встретился возвращавшийся с большого острова плот с десятью солдатами. Несмотря на протесты Якобса, Пелсерт приказал солдатам перейти в бот. Так рухнули планы капитана.
На большом острове воды не нашли, да, видно, и не очень старались найти. Бот тут же пошел на север, к Яве. В пути Якобс и не пытался убить Пелсерта. Охрана была надежна, и капитану пришлось смириться. Он даже начал заигрывать с Пелсертом, уверяя его, что не имел злых умыслов.
Путешествие до Явы оказалось очень трудным. Они прошли в открытом, переполненном людьми боте более полутора тысяч миль. В двух днях пути от цели бот повстречался с кораблем «Саардам» из эскадры, сопровождавшей «Батавию» до мыса Доброй Надежды.