Силы двух сторон были неравны, и три галеры стали добычей Улуджа. Шестьдесят рыцарей попали в плен, что стало настоящей катастрофой для сил Ордена Сам Сент-Климент избежал плена и на оставшейся галере благополучно вернулся на Мальту. Слухи о поражении вызвали гаев толпы, и Сент-Клименту с трудом удалось спастись от линчевания. Однако магистр был вынужден передать его суду. За малодушие и предательство он был приговорён к смертной казни. Его тайно задушили в камере, тело зашили в кожаный мешок и бросили в море.
Между тем победа у мыса Пассаро заставила Улуджа-Али изменить свои планы. Он взял обратный курс на Алжир, чтобы с размахом отпраздновать свою победу.
Впрочем, далеко не всем нравилось правление нового бейлербея. Задержки с денежными выплатами заставили янычар из алжирского гарнизона поднять мятеж. Улудж-Али не стал наказывать янычар, на ятаганах которых держалась его власть, а поступил в свойственной для него манере. Он передал янычарам свои галеры и позволил им грабить всех, кого они встретят на своём пути, в качестве платы за службу.
Подавив сопротивление в своих владениях, он был вынужден подчиниться приказу султана и отправился к берегам Морей для объединения сил с флотом Али-паши, который готовился сокрушить последние очаги сопротивления в Греции. Объединённый флот направился к самой крупной из колоний Венеции — Кипру. Султан давно хотел завоевать этот остров и вскоре нашёл повод для объявления войны. Улудж-Али участвовал в переправке турецкой армии. 3 июля 1571 года турки высадились на Кипре и вскоре осадили Никосию — главный административный центр острова.
Ещё до захвата Кипра папа римский Пий V обратился к европейским монархам с просьбой о помощи. На призыв откликнулся испанский король Филипп II. Он снарядил большой флот под командованием Джованни Дориа. Свой контингент предоставили и некоторые итальянские государства во главе с неаполитанским Великим констеблем Марко Антонио Колонной. К испанскому флоту присоединился венецианский, во главе с Джовани Зане. В общей сложности объединенная армада насчитывала 206 кораблей, из которых 12 были галеасами, а все остальные боевыми галерами. Они должны были перевезти 48 тысяч солдат для оказания помощи венецианцам, сражавшимся на Кипре. Если бы среди руководителей этой экспедиции было хоть какое-то единство, они могли бы сокрушить турок, но единства не было. Пока союзники пререкались, турки получили подкрепления, и 9 сентября Никосия пала. Однако сопротивление продолжала Фамагуста, где укрепился шеститысячный венецианский гарнизон под командованием Марко Антонио Брагадино. Турецкая стотысячная армия начала бесконечные штурмы этой крепости. Видя бесперспективность сопротивления, 31 июля Брагадино согласился на капитуляцию.
Брагадино сдал крепость на обычных для того времени условиях. Поскольку турки не смогли взять крепость штурмом, венецианцам должны были позволить беспрепятственно покинуть город и отплыть на Крит. Однако в реальности всё пошло не так, как намечалось. Когда командующий турок Мустафа-паша принимал капитуляцию, он внезапно начал обвинять венецианцев в убийстве турецких военнопленных, а затем выхватил нож и отрезал венецианцу ухо. Это был условный сигнал, после которого слуги Мустафы-паши схватили венецианца и отрезали ему другое ухо и нос Одновременно началось избиение христиан в городе. Брагадино же сначала бросили в тюрьму на две недели, где он должен был с гноящими ранами носить на спине мешки с землёй и камнями. Затем его привязали к стулу и подвесили на рее флагманского корабля турецкого флота, на посмешище матросам. В конечном итоге его привели на место казни — главную площадь Фамагусты, где с него живьём содрали кожу. После казни кожу набили соломой, зашили и повесили для развлечения толпы, а затем в качестве подарка отправили султану. Отрубленные головы других венецианских офицеров были развешены на реях венецианских кораблей.
Известие о зверской расправе над соотечественниками вызвало волну возмущения в Венеции и стало одной из причин отчаянной борьбы венецианцев с турками в сражении при Лепанто.
Между тем союзники Венеции, понимая, что изменить что-либо невозможно, и из страха перед надвигавшимся сезоном штормов, после военного совета, приняли решение отвести объединённый флот на Сицилию.