Великие достижения в области положительных наук, подрывавшие основы богословия и идеализма, произвели на Писарева большое впечатление. Знакомство с новыми открытиями преобразило его ум. Теперь уже по-новому, с позиций разума, обогащенного новейшими достижениями, стал он подходить к осмыслению фактов, почерпнутых из действительности. Прежде всего Писарев не без ужаса убедился в ложности и «неестественности своих ребяческих понятий» (8, стр. 185), и для него наступил критический момент ломки устарелых убеждений, с детства накрепко засевших в голове. Он почувствовал необходимость пересматривать последовательно все, т. е. «переделывать сверху донизу» весь строй наивных юношеских взглядов, «выкуривать из… мозга ту нелепую демонологию, которая заменяла… трезвые понятия о мире, о природе и человеке…» (8, стр. 185). Все убеждения, гипотезы, теории, превращенные временем в аксиомы и казавшиеся неприкосновенными, ясными, как день, незыблемыми, «как гранитная стена», величественными, как вершины Казбека и Монблана (9, стр. 60), стали рушиться при соприкосновении с критической мыслью. Очень многое из того, во что он верил, чему поклонялся, обнаружило свою внутреннюю несостоятельность, потеряло свой смысл и былой блеск. Все отжившее, ранее оправданное исторической давностью, осуждалось и обрекалось им на гибель. А все выдержавшее критику перевоплощалось и приводилось в новую систему, как бы пройдя через великое чистилище.
Шелгунов, вспоминая эти годы, писал: «В Писареве совершалась глубокая и сильная внутренняя работа и полная перестройка понятий, которая при его страстности принимала чуть не горячечный характер. Это был целый громадный внутренний переворот, справиться с которым мог только очень сильный ум, способный глядеть лишь вперед и расставаться без жалости с тем, что оставлял он назади. Такой именно ум и был у Писарева. Масса новых открытий и истин, созданных колоссальными успехами новейшего естествознания и точных наук, и новейшие исследования в области политических и экономических знаний вошли в него какой-то светозарной силой, разлили повсюду свой свет и осветили все его умственные потемки» (112, стр. 222).
Сам Писарев, вспоминая позже этот период, подчеркивал, что мир предания, мир всепроникающей рутины давал «импульс к отрицанию», поэтому оно не могло прекратиться до тех пор, «пока не будет совершенно окончено дело разрушения». Это и было отправное положение его зарождающегося реализма и нигилизма.
Духовный кризис Писарева, связанный с критическим пересмотром ценностей, а также неудача в личной жизни — безответная любовь к кузине Раисе — привели в необыкновенное напряжение его нервную систему, что вылилось во временное расстройство психики. После побега из клиники, где он находился на излечении, Писарев приступил к написанию кандидатской диссертации «Аполлоний Тианский», которой и был завершен им в 1860 г. университетский курс (работа была награждена серебряной медалью). В ней Писарев уже на более высоком уровне подходит к эмансипации личности, указывая на взаимосвязь человека и среды. Более того, он делает первую попытку выйти за пределы проблемы личности и обращается к массам, которые рассматриваются им как «сила громадная, но слепая», противящаяся гнету только тогда, «когда боль слишком сильна» (8, стр. 9). Критикуя устои Римской империи, Писарев в то же время отрицательно высказывается о деспотических формах правления вообще и делает намек на борьбу, как на средство избавления от гнета и достижения общественного идеала. Он выступает против утверждения Аполлония Тианского, что общество возможно изменить «изнутри наружу», т. е. через морально-религиозные проповеди. Но Писарев был еще непоследователен в этом отношении. Его похвалы по адресу древнего философа-миссионера за то, что он не сделал смыслом жизни революцию, а выбрал занятие, якобы более важное и достойное мыслящего человека, свидетельствует о том, что в этот период Писарев еще не был по-настоящему революционно настроен.
Результатом вырабатывающегося реалистического направления взглядов Писарева является своеобразный подход его к оценке деятельности Аполлония Тианского. Последний привлек его внимание как «практический» философ. Но Писарев осуждает Тианского за то, что тот вместо необходимого реального предложения по разрешению аграрного вопроса в период народного бунта обращается к несбыточным утопиям. Писарев считает, что предпочтительнее дать малое, но реальное благо, чем тешить обещаниями великого, но недосягаемо далекого.
Итак, особенностью этого периода деятельности Писарева является то, что взгляды его приобретают политическую заостренность, хотя программа его была еще аморфна и противоречива. Кроме того, у него наблюдается явная тенденция оценивать явления с реалистических позиций. Писарев сам подтверждал, что именно к этому времени относится зарождение его реализма, проповедью которого, по его словам, он занимался «постоянно, с первого… появления на литературном поприще» (21, стр. 439).