Был инициатором многих прогрессивных общественных начинаний: основоположником т. н. Ниагарского движения, радикальной антирасистской организации начала 1900-х гг.; одним из основателей Национальной ассоциации содействия прогрессу цветного населения (National Association for the Advancement of Colored People, 1909); инициатором первых панафриканских конгрессов; около четверти века редактировал радикальный негритянский журнал «Кризис» (1910–1934); вел кампанию против системы расовой сегрегации джимкроуизма (Jim Crow), которая завершилась молчаливым маршем протеста (Silent Protest Parade) в Нью-Йорке в 1917 г. В числе первых ученых-африканистов создал ценные труды по истории и культуре Черного континента. Пионер негритянской социологии, на заре своего научного пути выпустил ставшее классическим исследование «Негр в Филадельфии» (The Philadelphia Negro, 1899). Написал одну из первых биографий Джона Брауна (1909, рус. пер. 1960), многократно переиздававшуюся. Велик вклад Дюбуа в изучение истории негритянского народа, его «утаенного прошлого»: такова его фундаментальная монография «Черная Реконструкция» (Black Reconstruction in America, 1935).
Долгая, «прометеевская» жизнь этого «черного титана», начиная с первых шагов журналиста, редактора журналов «Мун» (1906), «Хорайзн» (1907–1910), была подчинена целеустремленным, нелегким поискам истины, путей решения негритянской проблемы. Отвергая реформистскую доктрину Букера Т. Вашингтона, он, однако, поначалу выдвигал утопические планы то превращения негров в общество мелких собственников, то воспитания «десяти процентов избранных», черной культурной элиты. Лишь после первой мировой войны, в условиях подъема национально-освободительного движения в мире, он стал учитывать не только культурно-психологические, но и социально-экономические аспекты расовой проблемы в контексте общей антимонополистической борьбы трудящихся. В 20-е гг. Дюбуа начинает штудировать марксистские труды, с 1933 г. читает в университете Атланты курс: «Маркс и негры». Немалое значение имел для него «опыт новой России, основанной В. И. Лениным», а поездки в СССР (1926, 1936, 1949, 1958 и 1962 гг.) позволили увидеть историческую динамику развития социалистического общества, провозгласившего национальное равноправие. С конца 40-х гг. принимал участие в движении сторонников мира, за что подвергся преследованиям маккартистов, лауреат международной Ленинской премии «За укрепление мира между народами» (1958). В 1961 г. 93-летний Дюбуа вступает в Коммунистическую партию США. С 1962 г. — гражданин Ганы, где вел работу над Африканской энциклопедией.
Духовные искания Дюбуа запечатлены в его мемуарах, к которым он дважды обращался на протяжении своей жизни. Ее ранний этап освещен в книге «Сумерки зари. Эссе по поводу истории расовой проблемы» (Dusk of Dawn. An Essay toward an Autobiography of Race Concept, 1940). Глубоким стариком Дюбуа трудился над окончательным вариантом воспоминаний, где сделан акцент на послевоенном периоде, прослежена закономерность его прихода к идеям коммунизма («Автобиография. Разговор о жизни с высот последнего десятилетия ее первого века», The Autobiography. A Soliloquy on Viewing My Life from the Last Decade of Its First Century, рус. пер. 1962).
Уже с первых шагов Дюбуа подчинил свое литературно-художественное творчество пропагандистским целям, делу ликвидации «цветного барьера» и укрепления этнического самосознания негров. Исходя из того, что неграм «присущи те же чувства, мысли, устремления, что и людям с белым цветом кожи», утверждая красоту черной культуры, богатство африканского духовно-эстетического наследия, Дюбуа явился одним из предтеч «негритянского возрождения» 1920-х гг.