Ботный домик построен архитектором Вистом в начале екатерининского царствования специально для "дедушки русского флота" - пресловутого ботика, в свое время подаренного англичанами царю Алексею Михайловичу. На нем Петр I любознательным подростком учился искусству навигации на Яузе. В 1722 году ботик был торжественно перевезен в Петербург, а еще через год была устроена специальная церемония: ботик прошел вдоль строя победоносного балтийского флота, причем на веслах были российские адмиралы, а у руля стоял сам Петр. С 1723 года ботик хранился в крепости, откуда его вывозили для участия в торжественных церемониях. Сейчас ботик находится в Военно-морском музее, а в построенном для него павильоне установлен макет и устроен официальный сувенирный магазин Музея истории города. Архитектура Ботного домика - на грани елизаветинского барокко и раннего классицизма. От барокко - крыша с переломом, круглые окна-люкарны и статуя Навигации на крыше, а от классицизма - портики тосканского ордера.
Южную сторону площади занимает Комендантский дом. Это двухэтажное здание сооружено в 1746 году военным инженером де Марином. На втором этаже находилась служебная квартира коменданта крепости, на первом - его канцелярия. Обязанности у коменданта были в основном военно-хозяйственные. В частности - охрана Петропавловки, остававшейся ключевым пунктом и в случае внутреннего мятежа. На коменданта возлагалась и забота о множестве учреждений, находившихся в крепости: в разное время здесь размещались арсенал, главное казначейство, палата мер и весов, монетный двор, гарнизонная гауптвахта, пороховой погреб, тайная канцелярия, работный дом, квартировали и воинские части. Но главное, с начала XVIII века крепость все больше становится русской Бастилией - замком в центре столицы, где содержатся политические заключенные. Первейшей обязанностью коменданта становится надзор за здешними тюрьмами. В Комендантском доме происходили следствие и суд по делу декабристов. Один из них, полковник Булатов, покончил здесь жизнь самоубийством, разбив голову о стену своей комнаты. Здесь же шло следствие по делу петрашевцев и допрашивали Федора Достоевского, а позже - террористов 1870-1880-х годов. С 1975 года в Комендантском доме - музей, посвященный дореволюционной истории Петербурга.
Всю восточную сторону Соборной площади занимает фасад Монетного двора. Изготовление денег требует секретности, и чеканка монет была перенесена в крепость еще при Петре Великом. С екатерининского времени все золотые монеты, а также серебряные рубли и полтинники чеканились только на петербургском Монетном дворе. Нынешнее здание завода построил Антонио делла Порта. Это полудворец-полукрепость в духе французского классицизма. Здесь и сейчас чеканят российскую монету, делают ордена и медали.
Соборная площадь, особенно в летнее время, представляет из себя гигантское торжище: здесь множество лотков с сувенирами для доверчивых иностранцев, тележки мороженщиков, пивные павильоны, фотографы с муляжами исторических персонажей. Если выйти с площади и из крепости через Васильевские ворота, можно попасть на вертолетную площадку, откуда регулярно поднимаются геликоптеры с желающими осмотреть город с высоты птичьего полета. Если же пойти в противоположную сторону, вдоль фасада Монетного двора, вы попадете к тюрьме Трубецкого бастиона.
Тюрьма Трубецкого бастиона
Через казематы Петропавловской крепости в XVIII веке прошли все жертвы многочисленных дворцовых переворотов. Здесь побывали герцог Бирон и фельдмаршал Миних, Долгорукие, Голицыны, царевич Алексей. Здесь померла в заточении несчастная самозванка, называвшаяся княжной Таракановой и утверждавшая, что ее мать - императрица Елизавета Петровна; из соображений государственной безопасности Екатерина II поручила Алексею Орлову выкрасть ее из Италии. Тут пытали Артемия Волынского, здесь ожидали своей участи Радищев и Новиков. Здесь сидели и непокорные инородцы да иностранцы: первый предводитель чеченских абреков шейх Мансур, гетман Малороссии Павел Полуботок, который в заключении и умер, сказав перед смертью: "Для меня лучше найгоршою смертью умерти, як дивитися на повшенхну гибель моих земляков". В крепости томился и взятый в плен Суворовым Тадеуш Костюшко.
До царствования Анны Иоанновны заключенные сидели в казематах бастионов и куртин. Как выглядели эти помещения, можно увидеть на Зотовом бастионе, в северо-восточном углу крепости, где два каземата открыты для экскурсий. В 1740 году появилось специальное тюремное здание - Секретный дом Алексеевского равелина, - предназначенное для одиночного заключения. Оно было снесено в 1895 году, но до этого там успели побывать Павел Пестель, Кондратий Рылеев, Михаил Бакунин, а Чернышевский даже написал там "Что делать?".