То, что Поляков хотел прочно обосноваться в России, ясно из одного его делового предприятия. Самая старая железная дорога России – Царскосельская – влачила в семидесятые годы жалкое существование и приносило казне одни убытки. Поляков выкупил дорогу у казны и сделал ее образцовой. С вокзала в Павловске были выгнаны дамы легкого поведения, избравшие его в качестве своей штаб-квартиры. Вместо этого Самуил Поляков устроил библиотеку-читальню с душеполезным чтением для пассажиров, дожидавшихся поездов. Впервые в России были введены единые проездные билеты для дачников. По примеру Лондона Самуил Соломонович задумал строительство к югу от Петербурга жилого массива для рабочих столицы, которые жили бы в здоровой местности и добирались бы на работу по его железной дороге.
Между тем, российский правящий класс с неприятным удивлением обнаружил появление неизвестно откуда взявшихся конкурентов. Закаленные страшным соперничеством внутри черты оседлости, имевшие отличные деловые связи в западной Европе, фанатично трудолюбивые евреи ринулись в те сферы, которые были открыты им в результате либеральных реформ. Помимо международного банковского дела и торговли, это были адвокатура, журналистика, науки, прежде всего технические. Еврейские нувориши, исповедовавшие непонятную религию, плохо говорившие по-русски, вдруг оказались богаче и влиятельнее потомков Рюрика и Гедимина.
Характерен эпизод из «Анны Карениной». Промотавшийся Облонский пытается устроиться на службу к железнодорожному королю Болгаринову (под которым Лев Толстой имеет в виду, конечно, Полякова): «. ему было неловко, что он, потомок Рюрика, князь Облонский, ждал два часа в приемной у жида . бойко прохаживаясь по приемной, расправляя бакенбарды, вступая в разговор с другими просителями и придумывая каламбур, который он скажет о том, как он у жида дожидался, старательно скрывал от других и даже от себя испытываемое чувство».
Выразителем этой охватившей чиновничество и часть купечества юдофобии становится издатель самой популярной петербургской газеты «Новое время» Алексей Суворин. Статьей «Жид идет» он открывает антисемитскую кампанию, которая развивается тем успешнее, что ей сочувствует наследник – будущий император Александр III и близкая к нему так называемая «партия Аничкова дворца» – обер-прокурор священного синода Победоносцев, государственный контролер Тертий Филиппов и близкий к ним Федор Достоевский.
Главным объектом нападения становится Самуил Поляков. Каждое происшествие на его железных дорогах, каких случалось немало, впрочем как и на дорогах других подрядчиков, становится предметом журналистского расследования. Суворин травил Полякова, как охотник дичь. Поляков защищался как мог.
Его было очень трудно ущучить. В 1877 г. во время русско-турецкой войны по поручению командования Поляков за два месяца проложил дорогу Крушаны-Яссы, которая позволила бесперебойно снабжать русскую армию на Балканах. При этом его инженерами был поставлен мировой рекорд по скорости строительства. На службу к себе Поляков принимает известных при дворе чиновников – бывший губернатор Восточной Сибири Синельников становится его влиятельным ходатаем в сферах. Даже внук генералиссимуса Суворова стремится поступить к нему на службу. Важную роль играло и заступничество «Московских ведомостей», влиятельнейшей газеты, которую редактировал Катков.
С воцарением Александра III антисемитизм становится частью государственной идеологии. В начале 1880-х по Украине прокатились кровавые погромы. Полиция предпочитала не вмешиваться. На одном из донесений о погромах государь начертал резолюцию: «Я и сам люблю, когда их бьют». Хотя погромщики, в конце концов, были наказаны, причины погромов правительство видело в самом еврействе.
Новый министр внутренних дел Игнатьев издает серию законов, снова загонявших еврейство в местечковые гетто. Главный удар пришелся по учащейся молодежи. Ограничивалось число студентов иудейского вероисповедания в высших учебных заведениях и гимназиях. Чтобы стать студентом, еврейскому юноше, как правило, необходима была золотая медаль.
Суворин требует немедленной национализации поляковских железных дорог. Взятками всесильному Игнатьеву и другим сановникам Полякову удалось сохранить свои железные дороги и свой статус. Его непрерывно проверяли, каждое лыко было ему в строку, расширение деятельности стало невозможным. Часто приводил он своему сыну Даниэлю грустную еврейскую поговорку: «Алз дер реббе шлофт, шлофен алле хасидин» – «Когда раввин спит, все хасиды тоже спят». Когда царь против евреев, то и все министры против них.