Впоследствии в прессе появилась информация о том, что якобы заведены четыре уголовных дела по нецелевому использованию денег на реставрацию. Однако ни объекты, ни фигуранты дел не назывались, да и вообще какого-либо внятного продолжения эта история не получила. Недоброжелатели Смольного периодически посмеивались, что при составлении сметы любой строитель может «зарыть» в нее процентов 10 суммы, которые никто никогда не найдет, а уж такой многоопытный строитель, как Яковлев, наверняка зарыл и все 30 %.
Глава Счетной палаты не стал мелочиться и предложил губернатору вернуть в бюджет полмиллиарда рублей, предъявив данные по результатам проверки «финансирования, целевого и эффективного расходования средств, выделенных в 2001 году и за 9 месяцев 2002 года Санкт-Петербургу в связи с празднованием 300-летия города». Из документа следовало, что СП удалось выявить факты нецелевого использования — «дорожные налоги на сумму 521,35 млн. руб. не использовались для развития и содержания автомобильных дорог». Интересно, что украдены государственные деньги тоже не были. Они были потрачены на содержание садово-паркового хозяйства. Но это инспекторов Палаты не успокоило, проверяющие набросились на Комитет по управлению городским имуществом и Комитет финансов. Примечательно, что в том же феврале 2003-го проверкой расходования юбилейных денег занялась и Генеральная прокуратура РФ по Северо-Западному округу. Старший прокурор управления Владимир Гольцмер некоторое время говорил журналистам, что Генпрокуратура определяется с целями и задачами проверки. Однако и эта история продолжения не получила, вероятно, необходимость определять цели и задачи проверки сразу после окончания торжеств отпала.
Помимо многострадального дорожного фонда, контролеры были также недовольны и сорванными сроками восстановления исторических памятников. Смольный собор оставался в строительных лесах, у Казанского обнаружились серьезные проблемы с фундаментом, музей-заповедник «Ораниенбаум», единственный подлинник XVIII века, вообще было бы лучше никому не показывать, в здании Главного Адмиралтейства не успевали привести в порядок фасад. Летний и Александровский сады тоже оставались юбилейной «незавершенкой», как и Михайловский дворец и здание Государственной академической капеллы имени Глинки. Список можно было бы при желании дополнить еще добрым десятком других объектов. При этом по планам большинство из вышеназванного должно было быть закончено еще за год до часа «Ю», и на средства федерального, а не местного бюджета. Администрация города оправдывалась тем, что реальный масштаб реконструкции не был понятен до тех пор, пока со зданий, требующих ремонта, не сковырнули первый слой штукатурки. Контролеры лютовали и закидывали Смольный результатами проверок в письменном виде. На официальные представления Счетной палаты городская администрация отвечать не спешила, а тогдашний глава пресс-службы губернатора Александр Афанасьев гневные заявления Степашина комментировал раздраженно: «Мне кажется, что Сергей Вадимович, как и многие работники наших правоохранительных органов, стал путать свое ведомство со СМИ. Вместо того чтобы при обнаружении нарушений обращаться в соответствующие органы для ведения дальнейшего расследования, он тут же с этими материалами делает заявление для СМИ. Это по крайней мере некрасиво. Кроме того, администрация Петербурга не имеет отношения к расходованию средств, о которых говорил Степашин, — мы язык сточили это повторять и объяснять… Счетная палата имеет право проверять только расходование федеральных средств. Все деньги, идущие на 300-летие, проходят по федеральным ведомствам».
Чуть позднее ответный удар Степашину нанес и сам Яковлев. Во время официальной встречи с Путиным губернатор Петербурга обратил внимание президента на деятельность Счетной палаты, которая «авральными проверками осложняет полноценную подготовку к юбилею».