Отменен этот институт в 1940 году. Снова комиссаров заменили на заместителей командиров по политической части. Функции надзора и контроля за командирами были на время забыты. Замполиты стали заниматься воспитательной работой. 16 июля 1941 года опять был введен институт военных комиссаров. Это когда армия повсеместно сдавалась в плен, не оказывала сопротивления немцам. Этот институт просуществовал до 9 октября 1942 года. После этого в армию вернулось снова единоначалие.
В 1938 году решением ЦК ВКП (б) и приказом НКО № 19 от 25 января 1938 года были введены должности заместителей и помощников политруков на уровне взвода.
26 июля 1940 г. Политуправление Красной Армии преобразовывается в Главное управление политпропаганды, а с началом Великой Отечественной войны оно вновь 16 июля 1941 г. реорганизуется в Политуправление Красной Армии.