Исследователи утверждают, что икона написана во второй половине XIII века, когда князь Федор Черный с супругой Анной, дочерью татарского хана, вернулся из Золотой Орды. Тихвинскою же называется она только по сходству изображения ликов Богоматери и Спасителя, но никак не могла быть копией с той Тихвинской, что явилась над водами Ладожского озера в 1383 году и остановилась в Тихвине, так как в Афанасьевской обители находится с 1370-го (1377) года. По сказанию, сама Тихвинская икона Богородицы написана св. апостолом Лукою, впоследствии перенесена в Иерусалим, а затем во Влахернский храм Константинополя, откуда и скрылась в 1383 году и явилась в России. Можно предположить, что иконописец, написавший Тихвинскую икону по заказу ярославского князя Федора Черного, был в Царь-граде и видел оригинал, написанный евангелистом Лукою, во Влахернском храме.
Но пока вернёмся к истории Мологского Афанасьевского монастыря, которая начинает отчетливее выступать с середины XVI-го века. В ризнице монастыря хранились грамоты великих князей, в частности, родного внука великого князя Иоанна Васильевича — Димитрия, который в бытность свою в Углицком княжении «оказывал сей обители особое усердие». По кончине своей в 1509 году князь Димитрий завещал «к Афанасию Святому на Мологу» несколько крестьян из вотчинных деревень. Свою вотчину на лесном угодье пожаловал монастырю и великий князь Василий Иоаннович в 1522 году. Когда в Афанасьевском монастыре случился большой пожар, а было это в 1548-м году, великий князь Юрий Васильевич написал «льготную» грамоту, чтобы податей с монастыря три года не братьив его государеву казну, а отстраивать обитель. Около 1555 года был построен новый деревянный храм во имя Святой Троицы — видимо, на месте старого, сгоревшего. Храм теплый, с трапезою и келарской, с тесовой кровлей, «на церкве шея рублена в осьмерик, на главе крест железный».
В начале XVII века мологские земли подвергались нападениям поляков и литовцев. С 1612 года сохранился на территории монастыря надгробный камень с надписью: «Сего монастыря инок Корнилий Беляницын погребен от сотворения мира 7120 г. (1612 г.) октября 1-го дня». Причем долгие столетия надгробье инока Корнилия было сокрыто под землей, но в конце XIX — начале XX века показался из земли белый камень, который сперва был виден мало, потом начал показываться более и более и, наконец, стал виден весь. Вследствие такого необычного явления он был огорожен перилами и покрыт деревянной кровлею. Позднее здесь была выстроена часовня, о которой отец Павел пишет:
Когда патриарх Никон основал Воскресенский Ново-Иерусалимский монастырь на реке Истре в 46-ти верстах от Москвы, сделав точную копию иерусалимского храма Воскресения Господня и назвав все места этого монастыря так же, как в палестинском Иерусалиме (были здесь и Назарет, и гора Элеонская, и гора Фавор, а река Истра была переименована в Иордань) — то к этому знаменитому патриаршему монастырю была приписана и Мологская Афанасьевская обитель, так что все управляющие ею строители и игумены назначались из Нового Иерусалима.