Италия переживала кризис ценностей Средневековья, которые стали теперь объектом всевозможных споров. Критический ум отбрасывал предвзятые идеи, все более популярным становилось свободомыслие как способ обретения знаний. Наука воспринималась как возможность трансформации, и не за горами было рождение нового мировоззрения, которое впоследствии привело к необратимым изменениям в европейском обществе. Изобретение книгопечатания, использование компаса, открытие плавления металлов, микроскопа и телескопа — вот важные вехи той эпохи. Добавим сюда открытие новых земель, подтверждение сферической формы Земли, открытие кровообращения — и это не говоря о гелиоцентрической модели, которую вынашивал Коперник. В Италии в тот период работало десять университетов, старейшим из них был Болонский, основанный в 1088 году. Эти учебные заведения в большей или меньшей степени были эпицентром изменений, именно они вызвали эпохальный прорыв.
Связи между Польшей и итальянскими университетами восходят к XIII веку. В 1271 году ректором Падуанского университета был избран Миколай Поляк, в то время как Ян Поляк стал ректором университета в Болонье. С 1448 по 1471 год пять польских ученых руководили кафедрами астрономии и математики в Болонском университете. Благодаря латыни как языку науки в это время был возможен плодотворный для высших учебных заведений обмен. Так что Николай Коперник оказался в Болонье не случайно: там обучался его дядя и работали польские математики и астрономы, а некоторые из них даже преподавали в его альма-матер, Краковской академии.
Коперник остался в Италии на семь лет, здесь он продолжил и углубил образование, а также получил доступ к классическим трудам по астрономии, которые так его интересовали. Впрочем, этот интерес ученый в течение всей жизни совмещал с другими самыми разнообразными занятиями.
Сохранились записи, подтверждающие любопытный факт: Николай Коперник был записан в Болонском университете как представитель так называемой немецкой нации, хотя он происходил из семьи, отличившейся в борьбе против тевтонского угнетения. Впрочем, это всего лишь административные данные — очевидно, что одной из отрицательных черт европейских университетов была бюрократия. На самом деле немецкая национальность объединяла многих студентов Центральной Европы: не только сами немцы, но и чехи, бельгийцы, поляки, венгры, литовцы и даже датчане и шведы фигурировали в административных ведомостях как немцы. Этот факт свидетельствует о стремлении немцев к гегемонии на этих территориях по замыслу Священной Римской империи.
Молодой Николай последовал воле дяди и поступил на факультет юриспруденции, имевший в Болонском университете длинную историю. Это не было лучшим вариантом, но выбор Ватценроде был продиктован желанием дать племяннику образование, которое открывало бы ему доступ к службе в церковной администрации. Так или иначе, юноша оказался на факультете юриспруденции и занялся изучением основополагающих трудов Фомы Аквинского. В этой традиции позитивное право было подчинено каноническим указаниям, которые всегда имели преимущество в конфликтных ситуациях. И все же проникновение новых идей, возвращающих к жизни греческую философию и римское право, постепенно подтачивало атомистические установки. Представление о государстве, не подчиненном церковной власти, завоевало авторитет в Болонье, было поддержано Борджиа и получило свое развитие в работе Макиавелли.
Коперник провел в Болонском университете четыре года. Некоторые источники говорят, что он жил в доме Доминико Марии Новары, профессора астрономии и астрологии. Другие указывают, что юноша арендовал дом в окрестностях церкви Сан-Сальваторе. Второй вариант вполне возможен, поскольку Коперник располагал необходимыми для этого средствами, особенно после того как Вармийский капитул предоставил ему должность каноника.