Более чем целое столетие «Gustaviana-Carolina», собственно говоря,только прозябала. В капитуляциях лифляндского дворянства Петру I, от 4-го июля 1710 года, существует пункт 4-й, касающийся университета, согласно которому ему обещано «скорее увеличение, чем уменьшение его привилегий» (ibre Beneficia und Privilegia mehr zu augmentiren ale zu diminuiren), но сказано, чтобы «лютеранские профессора были хороши». Тут, как и в привилегиях дворянству, императорское согласие на status quo совершенно условно и свобода действия власти отнюдь не исключена: надо, чтобы профессора были хороши, а судить о них правительству. Миновало время Петра I, прошло еще несколько царствований, университет все-таки прозябал, несмотря на то, что стал он совершенно немецким и от шведских элементов освободился вполне. Только при Императоре Павле I, в 1798 году, поручено было всем трем прибалтийским дворянствам пересмотреть и разработать проект университета, и последнему, Высочайшей властью, дано крупное пожертвование — «100 Haken» земли. Курляндское дворянство в те дни от непосредственного участия в этом деле отказалось, и, вероятно, в этом кроется причина того, что в университетском гербе фигурируют только дворянства эстляндское и лифляндское. Лифляндия брала на свой долю 44,781 рубль расходов, Эстляндия 22,383 руб., Курляндия только 2,417 руб. 30 коп. Император Павел I, восстановивший в прибалтийском крае старые немецкие порядки и отменивший почти все распоряжения Екатерины II, как известно, до разработки университетского проекта не дожил. Спорным был в те дни даже вопрос о том, где должен быть открыть «новый» университет: в Пернове, Митаве или Юрьеве? Следовательно, и второй период существования университета как бы расплылся в тенях.
Указом Императора Александра I, от 5 января 1802 года, университет открыт, наконец, в бывшем Дерпте, и этим вступил он, благодаря русским Самодержцам, в третий, блестящий, до того небывалый по роскоши, период своего существования. Те два былых периода, как сказано, носят латинские названия «Gustaviana» и «Gustaviana-Carolina», от королей, положивших им основы; подобного, производного, от имени Императора Александра, латинского названия этому университету, несмотря на возникнувший блеск, однако не дано. Это небольшая забывчивость, не более того. 1 мая 1802 года начались лекции, и не далее, как осенью того же года проректор Лоренц и профессор Паррот ездили в Петербург, чтобы исходатайствовать у юного в те дни Императора для университета, якобы, полную автономию и независимое положение относительно дворянства. и действительно указ 12 ноября 1802 года подчинил университет непосредственно министерству народного просвещения. Скоро вслед за открытием университета в Юрьев прибыл Александр I, а в 1806 году, вместо дарованной университету земли, определено выдавать ему ежегодно из государственного казначейства по 126,000 руб., то есть даны русские деньги взамен прежних немецких дворянских, в чем и сказалась своего рода автономия.
Император Александр сохранил к профессору Парроту благорасположение на долгие годы, что явствует из их переписки. Насколько историческая критика могла взять на себя смелость коснуться характеристики взглядов Императора Александра I в те годы, она уяснила, что взгляды эти были вначале далеко не такими, как впоследствии. Молодой, цветущий красотой и здоровьем Император еще недавно вышел из воспитательства республиканца Лагарпа; те дни были временем дружбы его с Чарторыйским, Новосильцевым, Кочубеем, Строгановым, этими первыми, неопытными, хотя и воодушевленными лучшими стремлениями, молодыми людьми; теоретически увлекали Императора, объясненные ему Лагарпом — Руссо, Гиббон, Монтескье; он положительно мыслил о том, чтобы, облагодетельствовав Россию и человечество, отказаться от престола и жить мирным гражданином где-либо на Рейне.
При подобных воззрениях удивительно не то, что Император Александр I видел кусочек Рейна в Эмбахе, что он создал и так богато снабдил немецкий Дерптский университет, а то, что, несмотря на этот молодой порыв великодушие, Император в указе об учреждении университета все-таки упомянул о том, что он создается «для Русского государства» и «на службу отечеству».
За время более чем восьмидесятилетнего существования на новых условиях университет переживал самые разнообразные эпохи бытия; взгляды и веяния менялись, менялись генерал губернаторы, менялось непосредственное начальство — попечители учебного округа.
Первым по времени, до 1817 года, попечителем был Клингер, проводивший большую часть времени в Петербурге, поэт и друг юности знаменитого Гёте; местные источники не дают о нем прямых указаний, но приписывают первое утверждение самостоятельности университета профессору Парроту, о котором упоминалось.