История обороны Филиппин, Малайского полуострова и Голландской Индии представляет собой цепь непрерывных неудач, крушения планов и поражений союзников на суше, на море и в воздухе. То же самое можно сказать о действиях подводных лодок союзников, результаты которых оказались разочаровывающими. За первые три месяца военных действий в юго-западной части Тихого океана были потеряны четыре из двадцати девяти подводных лодок США, которые за то же время потопили японский эсминец и восемь торговых судов. В свою очередь в этот период Голландия потеряла восемь из тринадцати подводных лодок. Лодки же сумели потопить лишь один японский эсминец и три или четыре торговых судна. Кроме того, подводные лодки союзников повредили три боевых корабля и двенадцать транспортов. Общие потери, нанесенные японским силам вторжения подводными лодками, превысили потери, которые нанесли противнику авиация и надводные корабли союзников. Однако этого оказалось недостаточно, чтобы оказать серьезное противодействие японской экспансии.
Перед началом войны в юго-западной части Тихого океана были сосредоточены крупные подводные силы союзников. На эти силы возлагались большие надежды (здесь начались военные действия), особенно потому, что многие важные цели появлялись в районах боевых действий подводных лодок.
Дефекты торпед существенно повлияли на результативность атак американских подводных лодок, однако они не были единственной причиной общих неудач. Эффективность японской противолодочной обороны слишком переоценивалась. Поэтому в начальный период военных действий на Тихом океане подводные лодки союзников придерживались слишком осторожной тактики. Особенно переоценивалась эффективность скрытного сближения с целью на большой глубине, когда торпеды выпускались по данным гидроакустики без наблюдения в перископ. Тактика действий в ночных условиях не была отработана. Многие командиры подводных лодок с началом войны сразу же отказались от этой не в меру осторожной тактики и учились применять новые тактические приемы атак в ночных условиях. Но этим следовало заниматься до войны, а не после того, как она началась.
Голландские подводники придерживались тактики сосредоточения подводных лодок в предполагаемых районах высадки с последующей совместной атакой японских сил вторжения. Когда Япония преодолела сопротивление союзников, в США также решили следовать подобной тактике. При отсутствии непрерывной и эффективной воздушной разведки было трудно организовать сосредоточение подводных сил в назначенном районе и в заданное время. Поэтому часто это не удавалось. Кроме того, даже если подводные лодки и прибывали вовремя, в заданном районе они встречали крупные противолодочные силы противника, при этом часто небольшая глубина моря в этом районе ограничивала возможности маневрирования подводных лодок.
Уилкс быстро понял недостатки такой тактики и настаивал на возвращении к прежней, при которой подводные лодки могли действовать в районах, где у них было больше возможностей для маневра и атаки: Адмирал Харт также считал, что в этом случае подводные силы могут нанести противнику больший урон. Однако в юго-западной части Тихого океана флоту союзников не пришлось вести длительной борьбы. За то короткое время, пока Харт являлся командующим подводными силами союзников в юго-западной части Тихого океана, он должен был использовать все средства, чтобы как можно дольше оттянуть захват Японией островов Малайского барьера.
Уилкс почти сразу отказался от теории осторожных действий, господствовавшей в мирное время. Его непрерывные призывы "атаковать, атаковать, атаковать", которые он посылал по радио подводным лодкам, не вязались с его довоенной приверженностью к тактике скрытного подхода к цели на большой глубине и торпедным атакам по данным гидроакустики. Заслугой Уилкса являлась его поддержка тех командиров подводных лодок, которые отрицательно отзывались о торпедах типа "Мк-14". Он всегда был готов спорить по этому вопросу и со специалистами торпедного оружия из штаба Харта, и с главным управлением вооружения ВМС. Хотя это управление и уверяло, что глубина хода торпед в точности соответствует техническим условиям, и подтверждало свою веру в магнитный взрыватель, Уилкс приказывал устанавливать торпеды на небольшую глубину хода, с тем чтобы они взрывались при попадании в цель{16}.