Главный японский морской штаб в общих чертах рассмотрел план вторжения в Северную Австралию, чтобы не допустить развертывания массированного воздушного наступления на Японию, которое, как предполагали в Японии, будет осуществляться с этого континента. По подсчетам, произведенным командованием японской ар-, ми и, для этой цели ей потребовалось бы десять дивизий. Судов не хватало для перевозки и половины этих войск, даже если бы армия и имела указанное число дивизий По тем же причинам был отвергнут план японского вторжения на Гавайские острова. При этом учитывалось, что на переходе к Гавайям большое число японских судов в течение длительного времени будет подвергаться атакам американских подводных лодок. Учитывая ограниченные возможности материально-технического обеспечения войск на последующем этапе войны, было признано наиболее целесообразным продвижение с постепенным захватом островов. Удар предполагалось наносить через Соломоновы острова, острова Фиджи и Самоа с целью перерезать американские коммуникации с Австралией.
Штаб Объединенного японского флота пришел к совершенно противоположным выводам. Там были очень обеспокоены уязвимостью Японии в результате возобновления рейдов американских авианосных сил из центральной части Тихого океана. В штабе Ямамото считали, что для защиты Японских островов первостепенное значение имеет продвижение на восток. В итоге штаб Объединенного флота выдвинул план захвата атолла Мидуэй, самой западной американской базы в центральной части Тихого океана. В японском военно-морском флоте шла жестокая борьба между сторонниками этих двух стратегических концепций. В конце концов одержала верх точка зрения штаба Объединенного японского флота. 16 апреля император Японии одобрил план нападения на Мидуэй.
Воздушный налет на Токио
Рано утром 18 апреля 16 американских армейских бомбардировщиков В-25 стартовали с палубы авианосца "Хорнет" с целью Нанесения бомбового удара по Токио. Этот налет подтвердил, что опасения, касающиеся возможности налетов авианосной авиации на Японию, были обоснованными.
В день налета на Токио подводная, лодка "Трешер" патрулировала южнее Токио. "Трешер" находился здесь уже несколько дней, ведя метеорологические наблюдения. В Японии знали о присутствий американской лодки в этом районе, поскольку здесь было потоплено японское судно. В ночь на 16 апреля Андерсону (командир "Трешера") предстояло решить специальную задачу. Он покинул свою позицию, чтобы ввести противника в заблуждение, и передал по радио донесение с данными метеорологических наблюдений. Это донесение имело серьезное значение для адмирала Хэлси, который с авианосцами "Хорнет" и "Энтерпрайз" находился в нескольких сотнях миль к востоку.
Урон, причиненный Японии в результате первого в ее истории воздушного налета, был невелик по сравнению с результатами многих других налетов, которые ей пришлось испытать позднее. Однако этот первый налет сильно взволновал японцев. Через пролив Бунго из Внутреннего Японского моря вышел 2-ой флот, только вернувшийся из напряженного похода, который знаменовал собой конец первой фазы войны. С аэродромов острова Хонсю в воздух поднялись бомбардировщики. Все имевшиеся подводные лодки были высланы в море для преследования уходивших американских авианосцев. Вышедшее в Тихий океан через пролив Лусон оперативное соединение Кидо Бугаи также начало поиск противника в водах южнее Японских островов. Было отсрочено выполнение боевых задач авианосцами "Секаку" и "Дзуйкаку" и сокращено время подготовки к выходу в море других авианосцев. Но, несмотря на все эти меры, Хэлси беспрепятственно ушел.
Переразвертывание японских подводных лодок
В конце первой фазы войны все японские подводные лодки ушли из Индийского океана и вод Голландской Индии. В середине апреля оперативное соединение, состоявшее из подводных лодок "I-10", "I-16", "I-18", "I-20" и "I-30" и вспомогательных крейсеров "Хококу-мару" и "Айкоку-мару", вышло из Японии в Джорджтаун (Пенанг), где три из этих подводных лодок должны были принять на борт сверхмалые подводные лодки, чтобы затем следовать на выполнение боевого задания к Диего-Суарес (Мадагаскар), где базировалась часть британского Дальневосточного флота. Используя возможность приема топлива в море, "I-30" должна была из Мадагаскара идти на юг, обогнуть мыс Доброй Надежды и через Атлантический океан прибыть в Германию.