27 декабря вечером протоколы очных ставок и составленная на их основании записка Шкирятова и Абакумова были направлены Сталину. Жемчужина обвинялась в «политически недостойном поведении», конкретно ей инкриминировались следующие прегрешения: «В течение длительного времени… поддерживала знакомство с лицами, которые оказались врагами народа, имела с ними близкие отношения, поддерживала их националистические действия и была их советчиком… Вела с ними переговоры, неоднократно встречалась с Михоэлсом, используя свое положение, способствовала передаче… политически вредных, клеветнических заявлений в правительственные органы. Организовала доклад Михоэлса в одном из клубов об Америке, чем способствовала популяризации американских еврейских кругов, которые выступают против Советского Союза. Афишируя близкую связь с Михоэлсом, участвовала в его похоронах, проявляла заботу о его семье и своим разговором с Зускиным об обстоятельствах смерти Михоэлса дала повод националистам распространять провокационные слухи о насильственной его смерти. Игнорируя элементарные нормы поведения члена партии, участвовала в религиозном еврейском обряде в синагоге 14 марта 1945 г.[123]
, и этот порочащий ее факт стал широким достоянием в еврейских религиозных кругах…»На состоявшемся 30 декабря заседании Политбюро Жемчужину исключили из партии. На сей раз Молотов голосовал «за». Впоследствии он вспоминал, что «когда на аседании Политбюро он (Сталин. —
21 января 1949 г. Жемчужину вызвали в ЦК и там арестовали. На Лубянке ей стали предъявлять все новые и новые обвинения, в том числе в служебных злоупотреблениях, незаконном получении дополнительных фондов на снабжение, приписках в отчетности, незаконном премировании, пьянстве, кумовстве и фаворитизме в ранее возглавляемом ею главке. На допросах Жемчужина, несмотря на слабое здоровье, держалась с завидной стойкостью, отвергая облыжные обвинения. Чтобы морально сломить старую большевичку и позабавить своего кремлевского хозяина, ведомство Абакумова подготовило для нее весьма неприятный «сюрприз»: поскольку вместе с Жемчужиной арестовали и несколько ее помощников по главку, у следствия возникла идея использовать некоторых из них как обличителей не только служебных, но и интимных пороков руководившей ими когда-то женщины. После недолгой обработки некто Иван Алексеевич X., отец семейства, на одной из очных ставок с Жемчужиной неожиданно заявил, что та, используя свое служебное положение, склонила его к сожительству. Такой грязный и наглый выпад вывел Жемчужину из равновесия. Оскорбленная как человек и униженная как женщина, она назвала обидчика подлецом.
Следствие пыталось инкриминировать Жемчужиной и попытки вступить в контакт с международным сионизмом.
Ей припомнили, что в 1943 г. по ее просьбе Михоэлс встречался в Нью-Йорке с ее братом, бизнесменом Сэмом Карпом. Не ускользнул от внимания бдительных органов и факт светской беседы Жемчужиной с Голдой Меир, которая произошла на одном из дипломатических приемов, устроенных в 1948 г. в честь израильского посланника. Однако все это явно не тянуло на полновесное обвинение Жемчужиной в шпионаже, хотя в этом плане Голда Меир вызывала серьезные опасения у Сталина. Его не могло не настораживать и то, что глава первой израильской дипломатической миссии в СССР превратилась для советских евреев в некую почти харизматическую личность, провозвестницу грядущего исхода в Землю обетованную. Изводившие диктатора страхи исчезли только после того, как 19 апреля 1949 г. Голда Меир в связи с назначением министром труда в новом правительстве вылетела в Израиль, а в Москве ее преемником стал временный поверенный в делах этой страны Мордехай Намир, который, кстати, тоже был выходцем из России и до революции руководил правыми сионистами-социалистами в Одессе.
Учитывая недавний социальный статус Жемчужиной, ей определили относительно мягкое наказание: пять лет ссылки в Кустанайской области Казахстана. Но груз незаслуженных обид оказался столь тяжелым, что там она поначалу пристрастилась к алкоголю, но затем сумела взять себя в руки и морально не опустилась.