Несмотря на вроде бы благополучный оборот (но не финал!), «дело ИМХ и МП», в которое были непосредственно вовлечены такие высокопоставленные номенклатурные иерархи, как Сталин, Жданов, Берия, Маленков, Щербаков, тем не менее, говорило о том, что в своем развитии антисемитизм советских верхов вступил в фазу государственной политики. Этот вывод подтверждается тем, как развивалась эта история в последующем. В высшем политическом ведомстве, в Агитпропе, на ней вовсе не собирались ставить крест. В разгар войны, когда вспыхнула новая антисемитская волна в стране, весной 1943 г. Александров подготовил на имя Сталина новую записку и проект постановления ЦК о «неблагоприятном» положении в институте. В этих документах подчеркивалось, что штат института заполнен «политически сомнительными иностранцами — людьми немецкого языка (немцы, венгры, немецкие и венгерские евреи)… из 44 старших научных сотрудников русских всего шесть человек… в составе руководящих кадров нет ни одного русского ученого».
Предлагалось сместить Варгу с поста директора института, назначив вместо него В. П. Потемкина. Кроме того, вновь ставился вопрос об устранении Левиной Р. С. с должности заместителя директора института. Однако и на сей раз, в разгар войны, прагматик Сталин не пошел на кадровую перетряску в авторитетном научном коллективе.
И только весной 1945 г. шовинистам из ЦК удалось взять частичный реванш: тогда их усилиями Левина была выведена из руководства ИМХ и МП. Прошли годы. И вот 10 января 1948 г. пожилую и к тому же тяжелобольную женщину арестовали. В застенках тюрьмы ей припомнили все. И то, что ее отец, Саул Левин, эмигрировал в 1911 г. в США и работал потом в городе Луисвилле (штат Кентукки) агентом кожевенной фирмы. И то, что она в юности, проживая в 1917–1918 гг. в Пензе, состояла в «Союзе еврейской молодежи». Но не это было главным для ее мучителей. На первых же допросах следователь ошеломил Левину обвинением в том, что та с 1946 г. выполняла задание Михоэлса «включиться в активную работу в пользу еврейской нации», уже не будучи заместителем директора ИМХ и МП, начала группировать вокруг себя в коллективе националистически настроенных евреев и агитировала их против советской власти. Заодно Левину пытались изобличить и в том, что она, зная о знакомстве Гольдштейна с родственниками вождя, упрашивала его походатайствовать через них о выдвижении ее книги на Сталинскую премию.
Поначалу Левина все решительно отвергала. Тогда, чтобы морально сломить упорствовавшую «националистку», Абакумов распорядился устроить ей очную ставку с соответствующим образом подготовленным Гольдштейном. В конце марта этот спектакль состоялся. Однако Гольдштейн не справился с заданием следователя: когда его ввели в помещение, где уже находилась Левина, он не смог перебороть нахлынувшие на него угрызения совести и отказался исполнять заранее отрепетированную роль. Взбешенному неудачной очной ставкой узников следователю не оставалось ничего другого, как развести заключенных по камерам. После неудавшегося «свидания» Гольдштейна два дня усердно истязали, били по чем попало резиновыми палками, дали понять, что ему грозит конец, если он не выполнит требований следователя. После чего повторили очную ставку, которая на сей раз прошла по запланированному следствием сценарию.
Испытав психологический шок от разоблачений прежнего сослуживца и друга, Левина тем не менее продолжала настаивать на своей невиновности. После этого все методы садистского издевательства из арсенала фашистских палачей были пущены в ход, чтобы заставить Левину повиноваться. Полковники Сорокин и Лихачев истязали свою жертву самым жестоким методом. Войдя в раж, они выбили у пожилой женщины все передние зубы, удары резиновыми дубинками сыпались куда попало — по голове, ногам, спине, ягодицам, половым органам. После столь изуверской экзекуции еле живая Левина вынуждена была покориться своим мучителям и дала признательные показания. На основании постановления Особого совещания 29 мая 1948 г. она получила десять лет исправительно-трудовых лагерей. Даже после того, как 6 марта 1954 г. Верховный суд СССР освободил Левину из заключения, та оставалась в ссылке до января 1955 г.