Еще одна реформа системы управления напрямую касалась усиления подготовки страны к возможной войне. 25 апреля решением Политбюро был упразднен «Совет труда и обороны при СНК». Взамен образовывался Комитет обороны под председательством председателя СНК Молотова. В его состав вошел Сталин и наркомы: путей сообщения Каганович, обороны Ворошилов, оборонной промышленности Рухимович, тяжелой промышленности Межлаук и заместитель председателя СНК Чубарь. Кандидатами стали начальник политуправления РККА Гамарник, секретарь ЦК Жданов, наркомы внутренних дел Ежов и пищевой промышленности Микоян.
В это же время Сталин объявил о либерализации гражданских прав. 27 апреля Политбюро утвердило постановление «О прекращении производства дел о лишении избирательных прав граждан СССР
«Осудить применяемую некоторыми партийными и в особенности профсоюзными организациями практику огульного обвинения хозяйственников, инженеров и техников, а также практику огульных взысканий и отдачи под суд, применяемую и извращающую действительную борьбу с недостатками в хозорганах. Обязать Донецкий обком КП(б) Украины и Азово-Черноморский крайком… исправить допущенные в этом отношении ошибки. И разъяснить всем партийным организациям Донбасса, что их прямой обязанностью, наряду с выкорчевыванием вредительских элементов, являются всемерные поддержка и помощь добросовестно работающим инженерам, техникам и хозяйственникам».
Продолжением этой линии стало то, что 5 мая в очередном постановлении Политбюро Прокурору Союза ССР Вышинскому предписывалось: «
Существо и характер этой меры были раскрыты в опубликованном 15 мая «Правдой» интервью Вышинского «Что делает прокуратура в связи с решениями СНК и ЦК ВКП(б) о Донбассе». В нем прокурор говорил: «
Поэтому Вышинский извещал, что «прокуратура потребовала из Донбасса все дела лиц, осужденных по производственным преступлениям» с 1934 по 1937 гг. для сплошной проверки». И одновременно сообщал, что при обнаружении отсутствия оснований для осуждения, а также в отношении лиц, которые «показали себя честными и добросовестными работниками, будет возбужден вопрос о снятии судимости».
Но если публиковавшиеся в печати сообщения Центрального Комитета и Прокуратуры свидетельствовали о либерализации общественных отношений, то в кабинетах Лубянки следователи заполняли листки протоколов информацией иного рода. Еще до оглашения этих важных решений, 26 апреля Ежов направил Сталину, Молотову, Ворошилову и Кагановичу обобщенный «Протокол допроса № 3» бывшего наркома НКВД Г. Ягоды. В пояснительной записке Ежов писал: «
В документе указывалось, что на состоявшихся допросах Ягода подтвердил свое сотрудничество с Бухариным, Рыковым, Томским и Углановым уже с 1928 года. Одновременно он показал, что в 1931 г., по предложению правых, назначил «начальником Секретного политического отдела Молчанова», ставшего ему «лично преданным человеком». Он признал и то, что имел возможность предотвратить убийство Кирова, но отрицал свое соучастие в преступлении, как и связь с германскими секретными службами.