В это время Япония была экономически отсталой страной, которой с начала XVII века управлял дом Токугава, чей основатель в 1603 году взял себе титул
Но власть сёгунов не была абсолютной. Даже после того, как дом Токугава пришел к власти в 1600 году, его представители не получили полного контроля над страной. Южное княжество Сацума оставалось достаточно независимым, чтобы позволить себе торговлю с окружающим миром через острова Рюкю. Именно в столице Сацума, городе Кагосима, родился в 1830 году Окубо Тосимити. Сын самурая, он, естественно, тоже стал самураем. Первым его таланты разглядел Симадзу Нариакира,
К этому времени Окубо Тосимити стал все чаще приходить к мысли о том, что Японии давно пора упразднить феодальную систему сёгуната. Он постарался убедить в этом и Хисамицу. Чтобы получить поддержку в своем начинании, они решили снова предоставить свободу действий императору. Договор, который Тосимити к тому времени заключил с княжеством Тоса, гласил, что «в стране не должно быть двух монархов, как не должно быть двух господ в одном доме; управление должно перейти в руки единого правителя». Однако заговорщики хотели не просто восстановить власть императора, а полностью изменить политические и экономические институты в стране. Одним из подписавших договор со стороны княжества Тоса был Сакамото Рёма. Когда Сацума и Тёсю выдвинули свои армии, Сакамото представил сёгуну программу, состоящую из восьми пунктов, и пытался убедить его подписать эту программу, чтобы избежать гражданской войны. Программа была весьма радикальной, и хотя в первом пункте говорилось, что «политическая власть в стране должна вернуться к императорскому двору и все законы должны издаваться двором», речь в документе шла о чем-то гораздо большем, чем восстановление власти императора. Пункты 2, 3, 4 и 5 гласили:
2. Следует учредить два законодательных органа, Верхнюю и Нижнюю палату, и все меры правительства должны быть основаны на их согласном решении.
3. Членами совета должны стать уважаемые представители землевладельцев, знати и народа, а прошлые традиционные должности, потерявшие значимость и смысл, следует отменить.
4. Иностранные отношения должны регулироваться на основе согласного решения совета.
5. Законы и нормы прошлых лет следует отменить и принять новые.
Сёгун Токугава Ёсинобу согласился подписать эту программу, и 3 января 1868 года была провозглашена Реставрация Мейдзи. Император Мейдзи был вновь облечен всей полнотой власти. Хотя силы княжеств Сацума и Тёсю заняли столицу сёгуната Эдо и императорскую столицу Киото, их предводители опасались, что клан Токугава попытается взять реванш и восстановить сёгунат. Окубо Тосимити хотел сокрушить дом Токугава навсегда. Он убедил императора упразднить княжество Токугава и конфисковать его земли. 27 января бывший сёгун Токугава Ёсинобу атаковал силы Сацума и Тёсю. Началась гражданская война, но продолжалась она лишь до лета, когда клан Токугава был полностью разгромлен.
Следствием Реставрации Мейдзи стало начало институциональных реформ в Японии. В 1869 году феодальная система была отменена и триста феодальных владений поступили в ведение правительства и были превращены в префектуры, которыми управляли назначаемые правительством губернаторы. Налогообложение было централизовано, и новое бюрократическое государство заняло место старого феодального. В 1869 году было провозглашено равенство всех социальных групп перед законом и отменены все ограничения на внутренние перемещения и торговлю. Класс самураев был упразднен (хотя это и вызвало несколько мятежей). Введено было право частной собственности на землю, и любой подданный императора мог отныне свободно выбирать себе профессию.