Наиболее частый тип вторичных захоронений формируется в прирусловом и русловом аллювии при размыве рекой первичных озерно-поименных, озерных, болотно-торфяниковых, приморско-лагунных захоронений или своих собственных, более древних. При размыве первично захороненного трупа или скелета и жесткой сортировке его костей в водном потоке и гравии целые скелеты, черепа (и рога оленей) разрушаются, разъединяются и переоткладываются на более низком уровне. Вторичные комплексные захоронения костей лошадей, бизонов, оленей, мамонтов были весьма обильны на песчано-гравийных косах и отмелях в среднем течении рек Русской равнины — на Днестре, Днепре, Десне, Дону, Волге, Каме, Урале. Они располагались последовательно ниже по течению от размываемых яров коренных — западных берегов.
В 50-х и 60-х годах большинство костеносных местонахождений на Днепре, Дону и Волге скрылось под многометровой толщей вод грандиозных водохранилищ.
В связи с тем что некоторые древние ложбины стока, например Волжская, имели весьма сложную историю формирования (Горецкий, 1966), — то подвергаясь усиленной эрозии, то выполняясь осадками при подпоре каспийскими водами, — разобраться в стратиграфии разрезов и возрасте костеносных захоронений бывает трудно. Так, например, у Сенгилея и Городца в 50-х годах автор наблюдал толщи костеносных галечников, лежащие на 25–30 м выше меженного уровня современного потока. Это было результатом врезки современного русла в отложения пра-Волги. Поэтому при оценке возраста речных террас на основе палеонтологических находок — обычно зубов слонов — следует учитывать, что такие костные остатки, нередко трактуемые в качестве инситных, на самом деле могли испытать уже однократное, двукратное или даже трехкратное перемещение из слоев одной террасы в другую и третью.
Характерные вторичные захоронения костей позднечетвертичных млекопитающих — мамонтов, лошадей, бизонов — образуются при вытаивании участков лессово-ледовой равнины — едом в Приморской низменности Якутии. Они откладываются на днищах термокарстовых озер и рек в так называемых аласных отложениях. В противоположность светлым и свежим костям и мамонтовым бивням из первичных якутских лессов в таких перемытых лессах обнаруживаются потемневшие и потрескавшиеся костные остатки. Такие же вторичные захоронения образуются в нашу эпоху и на дне моря Лаптевых и Восточносибирского. Бивни мамонтов, разрозненные части скелетов и черепа лошадей, бизонов и овцебыков сваливаются там с 40-метровой высоты на отмель из тающих и размываемых ручьями и морем толщ Ойагосского и Хапташинского яров.
Вторичные захоронения бывают и антропогенного происхождения. Так, например, кости мамонтов, накопившиеся в местах приноса трупов водой, т. е. в логах и старицах, переносились на высокие террасы первобытными охотниками для устройства жилищ и ритуальных завалов, где уже окончательно захоронялись в толщах надувов лессовой пыли и делювии склонов.
В пещерах переотложение костных остатков с их новым захоронением происходит в общем реже, чем на поверхности. Случается, что сильные подземные потоки разрушают слои верхних каверн, переоткладывая заключенные в них скелеты и кости в колодцах и западинках рельефа дна нижних гротов и залов обширных пещер.
Своеобразными накопителями костных остатков позвоночных в пещерах и логовах других типов были всегда хищные млекопитающие и птицы. Крупных копытных истребляют стайные псовые — серые и красные волки Азии, гиеновые собаки Африки. Второе место занимают кошки — львы, тигры, ягуары, барсы, ирбисы, пумы, рыси. Третье — преимущественно трупоядные гиены, четвертое — многоядные медведи. Тяжелые трупы слонов, лошадей, бизонов, лосей, оленей пожираются на месте, а оставшийся скелет постепенно растаскивается по частям трупоедами — гиенами, волками, шакалами, грифами, стервятниками. К логовам, под навесы скал и в пещеры, для подкормки молодняка притаскиваются либо части трупов, либо целые трупы среднего и мелкого размера — косуль, газелей, козлов, обезьян и др. Лисицы, шакалы, куницы затаскивают в пещеры и притаскивают к норам мелкую добычу — зайцев, сусликов, мышевидных грызунов, птиц.
Обильное накопление корточек грызунов и насекомоядных, птиц, ящериц создается внутри пещер и каверн совами, особенно филином и сычом. В желудках хищных птиц накапливаются непереваренные остатки корма — перья, шерсть, когти, кости жертв, которые отрыгиваются в виде плотных свалявшихся комков — так называемых погадок. Погадки разрушаются в расщелинах скал личинками жучков-кожеедов и молей, поедающих шерсть и перья, а освобожденные косточки захороняются в пылеватых наносах пещер. Исследователи уже собрали десятки тысяч таких косточек в разных зонах, досконально изучив питание филина и сыча.