В своем архиве Марр сохранил печатные материалы разных лет, в которых его обвиняли в предательстве национальных интересов, в подкупе «противной» стороной, в злостном сокрытии или искажении исторических фактов и источников. Особенно сильные атаки начались с 1909 года, после того как Марр провел серию успешных археологических и этнографических исследований, стал членом Академии наук и вполне сформулировал первый вариант своей яфетической теории, согласно которой древнеармянский и древнегрузинский языки имели семитические корни. Как считал Марр, армянский язык восходит к языкам семитских народов Урарту, грузинский к семитическим языкам Передней Азии. Затем они «разошлись», и армянский язык с приходом арийских племен получил наслоение (произошло «скрещение») индоевропейских языковых элементов, а грузинский продолжал развиваться путем синтеза картвельских и близких к нему наречий в русле семитических языков. Тем не менее оба народа всегда жили в теснейшем, взаимопроникающем единстве, которое станет очевидным. «После того как понятие наше о национальном характере грузин, в связи с первоначальным родством их с армянами, получит научное определение, — писал Марр в одном из своих конспектов, — и вместе с тем самобытность тех или иных явлений грузинской умственной и иной жизни не будет лишь пустой парадной фразой, ласкающей известное настроение»[65]
. Марр утверждал, что и грузинская письменность ведет свое происхождение от древнеармянской, что первый перевод Библии на грузинский язык был сделан с армянской, что долгое время Армянская и Грузинская церкви были едины. Современная лингвистика отрицает многое из того, на чем настаивал Марр в рамках своей яфетической теории, но археология и история культуры многое подтверждают.