На Родосе окончательно определилась и окрепла внутренняя структура Ордена, не претерпевшая существенных изменений на протяжении многих веков. Именно там сложилась традиция своеобразного распределения обязанностей между восемью языками, входившими в Орден. Так, пилье итальянского языка имел преимущественные права на пост адмирала орденского флота. Глава французских рыцарей обычно назначался старшим по Госпиталю, пилье Прованса - главнокомандующим вооруженными силами Ордена, а глава английского языка возглавлял его легкую кавалерию. Великий магистр избирался в собрании рыцарей "по справедливости", каждый из которых должен был провести три года в караване, три года в конвенте и иметь не менее чем 13-летний срок службы Ордену в своем ранге. Процедура выборов была очень сложной. Сначала голосование происходило в языках, где право голоса имели и послушники. Лишь на третьей стадии выборов определялись 16 рыцарей Большого креста, которые и решали судьбу кресла великого магистра. Поскольку большинство в Ордене составляли французские рыцари, то 3/4 всех магистров в родосский период были выходцами из Франции 9. {21}
Первой заботой рыцарей стало укрепление старых византийских фортификаций острова и строительство госпиталя. Для этой цели из Европы были выписаны лучшие специалисты. Особое внимание было уделено строительству новых крепостных стен и башен: в начале XIV века на смену древним катапультам пришли осадные орудия.
Обновление оборонительных укреплений явилось вовсе не пустой предосторожностью. Уже через два года после того, как рыцари обосновались на Родосе, турки предприняли попытку завладеть островом Аморгос, лежавшим в ста милях к северо-западу от Родоса. Великий магистр Фулк де Вилларе бросил на разгром турок все наличные силы Ордена. В морском сражении у берегов Аморгоса турки потеряли весь свой флот. Эта победа высоко подняла престиж госпитальеров в Средиземноморье.
Военные операции против турок, которые велись практически непрерывно до последней четверти XV века, рождали своих героев. Один из них был Дьедонне де Гозон, избранный великим магистром в 1346 году. С его именем связана одна из легенд, которыми так богата история госпитальеров. Согласно этой легенде, у подножия горы Св. Стефана как-то завелся не кто иной, как дракон. Один за другим рыцари выходили на схватку со страшным чудовищем, однако всех их ждала смерть. Тогда рыцарь Дьедонне, известный своей отвагой, решил использовать военную хитрость. Он вышел на бой с драконом в сопровождении гончих псов. Когда собаки яростно напали на чудовище, Дьедонне, воспользовавшись тем, что внимание дракона было отвлечено, отсек ему голову. Трудно сказать, стоит за этой легендой какой-то реальный факт (возможно, под драконом имелась в виду большая змея или даже крокодил) либо же мы имеем дело с разгулявшейся фантазией госпитальеров, но Дьедонне де Гозон остался в истории Ордена как "рыцарь, победивший дракона". Под предводительством де Гозона рыцари одержали внушительную победу над турецким флотом у берегов Смирны. Этот город оставался их форпостом в Малой Азии до тех пор, пока в 1402 году не пал под ударами армий Тимура.
Вторая половина XIV века отмечена последними попытками Европы взять реванш за разгром крестоносцев. В 1365 году папа Урбан V призвал к новому крестовому походу против неверных. Подготовку к нему возглавил король Кипра Петр I. Летом 1365 года у берегов Кипра собралась армада парусников, галер и транспортных судов, на борту которых находились рыцари и воины из разных стран Европы. Были там и галеры Ордена Св. Иоанна. Турки не сомневались, что главный удар будет {22} нанесен по Сирии. Однако корабли крестоносцев направились в сторону Александрии, остававшейся одним из красивейших и богатейших городов Северной Африки. Город был взят приступом. Крестоносцы, среди которых особой алчностью и жестокостью отличались венецианцы, предали город огню и мечу. Защитники христианской веры с беспощадным варварством истребляли мирное население, не делая различия между мусульманами, христианами и евреями. Когда перегруженные богатой добычей корабли крестоносцев вернулись на Кипр, стало ясно, что любая попытка развить первый успех была обречена на неудачу. Большая часть крестоносного воинства дезертировала. Однако арабы и турки надолго запомнили безжалостную резню, устроенную крестоносцами в Александрии. Через 60 лет они захватили и опустошили Кипр. С падением Кипра с карты восточного Средиземноморья исчезло последнее латинское королевство. Орден Св. Иоанна остался один на один с набиравшей силу державой турок-османов.
Через два года после разграбления Александрии госпитальеры предприняли успешную морскую экспедицию к берегам Сирии. Десант, высаженный с орденских галер, вернулся с богатой добычей. С этих пор морские набеги на города Леванта, Египта и Малой Азии стали совершаться регулярно. Рыцари поняли, что лучший способ борьбы с превосходящим по численности противником внезапное нападение.