Помимо Корсо рыцари участвовали в экспедициях испанского флота против Турции и ее североафриканских вассалов. Мы уже говорили о том, что в 1535 году они помогли испанцам выбить Хайруддина Барбароссу из Туниса. В 1541 году бальи Георг Шиллинг возглавил четыре галеры Ордена в экспедиции к берегам Алжира. В 1560 году пять галер Ордена участвовали в новой неудачной попытке вернуть Триполи. Через три года галеры Ордена вновь сражались рядом с испанским флотом. Перечисление этих операций можно было бы продолжить, поскольку на протяжении XVI века рыцари неизменно участвовали во всех морских сражениях между османской империей Сулеймана Великолепного и габсбургской Испанией Карла V и Филиппа II.
Первые три десятилетия XVII века прошли для госпитальеров в постоянном ожидании нападения со стороны турок. Боевые тревоги на острове объявлялись в 1598, 1603, 1610, 1614, 1615, 1618, 1619 и 1629 годах. Вход в Большую гавань был почти постоянно перекрыт массивной металлической цепью, натянутой от форта Рикасолли до форта Сент-Эльмо.
В XVII веке военный флот госпитальеров приобрел славу первого в Средиземном море. Орденские галеры все чаще выходили на Корсо в союзе с военными кораблями других малых государств Европы - герцогства Тосканского, Королевства обеих Сицилий и папского государства. Причем если Ватикан был представлен 4-5 галерами, Великое герцогство Тосканское и Королевство обеих Сицилий - пятью, то Орден регулярно направлял на Корсо от 6 до 7 галер. В 1655 и 1657 годах галеры Ордена приняли {52} участие в попытках блокировать Дарданеллы в союзе с Генуей и Венецией. В 1664 году рыцари напали на Алжир, а в 1707 году помогли испанцам захватить Оран. Галеры Ордена участвовали в героической обороне Кандии, которую венецианцам удалось отстоять в 1645-1669 годах.
Случались и неудачи. Самая крупная из них произошла в 1570 году, когда Орден направил эскадру из четырех галер под командованием Жана Франсуа де Сент Клемента, годом ранее избранного главным капитаном орденских галер, на помощь венецианцам, защищавшим порт Фамагуста (Кипр), осажденный турками. 26 июня эскадра покинула Большую гавань и направилась в Палермо, который был назначен пунктом сбора. К несчастью, по дороге скончался капитан одной из галер - Сальваторе ля Батте. Сент Клемент, невзирая на протесты других капитанов, решил вернуться на Мальту, чтобы доложить о случившемся великому магистру дель Монте. Впоследствии, однако, выяснилось, что Сент Клемент взял в Сицилии на борт своей галеры груз продовольствия и вина для арагонского языка, в котором занимал пост консерваторе (интенданта). К тому же капитаны галер обвинили Сент Клемента в стремлении уклониться от боя со встреченными по дороге двадцатью галеотами знаменитого пирата Уджд Али, преемника Барбароссы и Драгута.
В середине июля эскадра Сент Клемента вновь отправилась в плавание. Однако у берегов острова Гозо, попав в сильный шторм, она стала легкой добычей поджидавших ее корсаров. Самому Сент Клементу удалось спастись, но более тысячи человек экипажа, включая 80 рыцарей, попали в плен. По возвращении на Мальту Сент Клемент был арестован, несмотря на рекомендательные письма, которыми он заручился в Риме. Орденский суд приговорил Сент Клемента и капитана одной из галер Орландо Магри к смертной казни с конфискацией имущества и исключением из Ордена. Главным пунктом обвинения было то, что они оставили знамя Ордена врагу. Решение суда получило на Мальте широчайший резонанс, поскольку Сент Клемента и Магри знали как отважных рыцарей, безупречно сражавшихся во время Великой осады. Воспоминание об этом печальном случае было свежо и 27 лет спустя, когда капитул Ордена, собравшись на свое очередное заседание, постановил, что галеры, отправляющиеся на Корсо, не имеют права брать на борт никакого груза.